Elucidating the modes of action of drugs using transcription factor binding profiles

使用转录因子结合谱阐明药物的作用模式

基本信息

  • 批准号:
    22KJ1890
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.09万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2023-03-08 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

遺伝子発現行列 (薬剤×遺伝子発現) という連続量を直接処理するために、例えば、ChIP-seq 実験から転写因子の標的遺伝子 (遺伝子×転写因子結合) を定義し、これらの標的遺伝子が投薬/対照群の遺伝子発現プロファイルのどちらにエンリッチするか を検定する方法が考えられる (normal GSEA)。ところが、遺伝子×転写因子結合は 「結合する/しない」で抽象化されるため、結合強度が異なる場合でも同等に「結合 している」とだけ見なされてしまう。したがって、本研究では遺伝子×転写因子結合に対し、ゲノムへのリードアライメントの集積程度を表す統計量 (MACS2 score) を転写因子結合強度と定義し、それによる重み付けを行う手法を考案した (ChIP-weighted GSEA)。LINCS L1000 の薬物摂動トランスクリプトームデータを入力し、AUROC score を利用した精度評価により、薬物の直接的な作用標的の同定における提案手法の有効性を確認した (ChIPEA, 0.60; normal GSEA, 0.61; ChIP-weighted GSEA, 0.66)。さらに,DisGeNET を利用し、薬物と疾患をリンクさせるマスターレギュレータの予測を行った (ChIPEA, 0.63; normal GSEA, 0.62; ChIP-weighted GSEA, 0.68)。
The number of contacts is now in a row (the number of contacts is now available). The number of links is defined directly. For example, for example, for ChIP-seq, and for the combination of writing factors. The method of determining the accuracy of the system is to be tested (normal GSEA). The combination of two factors: the combination of the two factors, the combination of the two factors. In this study, the statistical data (MACS2 score) and the definition of strength (definition) were used in this study. In this study, we combined the statistical data (MACS2 score) with the definition of strength, and the method of practice (ChIP-weighted GSEA). LINCS L1000 equipment, equipment DisGeNET was used to treat diseases and diseases (ChIPEA, 0.63; normal GSEA, 0.62; ChIP-weighted GSEA, 0.68).

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
ChIP-Atlas 2.0: ATAC-seq と WGBS データを統合しエピゲノム制御の全貌に迫る
ChIP-Atlas 2.0:整合 ATAC-seq 和 WGBS 数据以了解表观基因组调控的全貌
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    鄒 兆南;大田達郎;三浦史仁;沖 真弥
  • 通讯作者:
    沖 真弥
ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulation Landscape
ChIP-Atlas:转录调控景观旅行指南
統合的な転写制御データ基盤の構築~ChIP-Atlas update: Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合しエピゲノム制御の全貌に迫る~
构建集成的转录控制数据基础设施 ~ ChIP-Atlas 更新:整合 Bisulfite-seq 和 ATAC-seq 数据,全面了解表观基因组调控 ~
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Zou;Z.;Oki;S.;鄒 兆南
  • 通讯作者:
    鄒 兆南
大規模NGSデータを横断し薬剤と疾患のしくみを理解する
通过大规模 NGS 数据了解药物和疾病机制
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    鄒 兆南;沖 真弥
  • 通讯作者:
    沖 真弥
実験医学増刊:バイオDBとウェブツール ラボで使える最新70選
实验医学特别版:Bio DB 和 Web 工具:70 个实验室使用的最新选择
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    鄒 兆南;沖 真弥
  • 通讯作者:
    沖 真弥
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  • 作者:
    鄒 兆南;北島 桂子;本田 瑞季;目野 主税
  • 通讯作者:
    目野 主税

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  • 发表时间:
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