蛋白情報データベースの作製にともなう諸課題の検討

考虑与创建蛋白质信息数据库相关的各种问题

• 批准号: 61306033
• 负责人: 佐竹 一夫
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Co-operative Research (B)
• 财政年份: 1986
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1986 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-61306033/
• 关键词: 国際蛋白質database; 蛋白質配列database; 天然・人工蛋白質variantdatabase; 蛋白質relational program; 蛋白質NMR database; 蛋白質高次構造予測及びgrafics program; 国際standardized format

世界既存のdatabankと協調する蛋白質のdatabase設立を目標に、関係諸機関、関連研究者と討論を重ね、実施上の諸課題を下記のように検討した。第一回班会議において、CODATAにおける蛋白質配列databankに関する委員会の精神を基盤に、(1)他のdatabankとの入力の重複を避け、(2)正確なdata入力の効率化、(3)従来不足している生物化学的・生物物理学的付加情報の入力を検討の基本方針とし、(4)国際的なstandardized formatの試験的施行を目指して活動を開始した。(1)(2)に関しては国内既存のdatabaseの関係者(蛋白奨励会、京大、金沢大、岡山大、阪大、遺伝研等)と会合、関連databaseの現状把握、将来の展望を討論。(3)に関し、天然人工蛋白質variant、蛋白質の生物活性、NMR、高次構造等のdatabase化について、informalな会合も含めそれぞれの専門家と充分な討論を行った。さらに生化学、薬学、医学、農芸化学、生物物理学等関連分野の研究者の幅広い意見を聞き検討を重ねた結果、【I】蛋白質配列、【II】天然蛋白質variant、【III】人工蛋白質variant、【IV】蛋白質の生物活性及び物性、【V】蛋白質NMR、【VI】高次構造予測、【VII】グラフィクスの各databaseまたはprogram、及びこれらを有機的に結ぶ【VIII】relational programが必要不可欠であると云う結論に達し、(4)の国際化については、NBRF(米)とMax Planck(西独)の各databankとのon-line化が合意、standardized format 、data入力についても調整した。Data入力に関するワークショップを東理大で十数回開催、【I】についてはdata入力を開始した。以上の活動はCODATA委員会でも次田班員によるり報告され(旅費はCODATA委員会から負担)、国際的な調整をより確実なものとした。本班の検討結果である上記7方向の調整のとれたdatabaseは、世界にも例がなく、生物、物理、化学の基礎分野のみならず生物工学、蛋白質工学の将来に資するところ大と考えられる。

The database of the world's existing databases and the coordination of the protein databank are established for the purpose of discussion, discussion, and implementation of the above issues. During the first session, the Committee's spirit on the CODATA databank,(1) the avoidance of duplication of its databank input,(2) the efficiency of accurate data input,(3) the discussion of basic policies on the input of biochemical and biophysical information, and (4) the implementation of international standardized format trials began. (1)(2) Discussion on the relationship between existing database in China (Protein Research Association, Kyoto University, Kanazawa University, Okayama University, Osaka University, Heritage Research Institute, etc.) and the current situation and future prospects of convergence and related databases. (3)The database of natural artificial protein variant, protein biological activity, NMR, high-order structure, etc. is fully discussed. In this paper, the author reviews the results of the review,[I] protein alignment,[II] natural protein variant,[III] artificial protein variant,[IV] biological activity and physical properties of protein,[V] protein NMR,[VI] high-order structural prediction,[VII] various database program, and [IV] protein NMR.(4) Internationalization, NBRF(m), Max Planck(w) and on-line adjustment of each databank, standardized format and data entry Data entry is closed, and data entry is started. The above activities are reported by CODATA Committee members and international organizations. The results of this class's research are listed in the following seven directions: adjustment of database, world example, basic division of biology, physics and chemistry, future information of biotechnology and protein engineering.