ヌクレアーゼ耐性を有する新規アンチセンスヌクレオチドの分子設計

具有核酸酶抗性的新型反义核苷酸的分子设计

• 批准号: 06772193
• 负责人: 浦田 秀仁
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Osaka University of Pharmaceutical Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06772193/
• 关键词: オリゴヌクレオチド; L-ヌクレオチド; アンチセンス

1.D,L-ハイブリッドドデカヌクレオチド(3)のNMRによる構造解析(3)の重水中でのDQF-COSY,NOESYスペクトルを測定し、その解析を行ったところ非天然型L-ヌクレオチド残基であるG4残基の糖部はstandardなS-型のコンホメーションをとっていたが、グリコシド結合まわりのコンホメーションはDNAとしては非常に稀なLow anti型をとっていることが明らかとなった。2.D,L-ハイブリッドドデカヌクレオチドの二重らせん構造の熱力学的安定性次に(1)〜(5)の二重鎖としての安定性を評価するためTm値の濃度依存性を調べ、van't Hoff plotにより熱力学的パラメータの算出を行ったところ、L-ヌクレオチドの導入によって二重鎖形成の自由エネルギー変化(ΔG^。)は概ね4Kcal/mol小さくなっていることがわかった(Table 1)。これは12残基中L-ヌクレオチドを5〜6残基導入すると二重鎖を形成できなくなることを意味しており、L-オリゴヌクレオチドがDNAと二重鎖を形成できないという報告とよく一致している。3.新規アンチセンスヌクレオチドの設計以上の結果から、L-ヌクレオシドをベースにした新規アンチセンス分子として、グリコシド結合まわりのコンホメーションをLow anti型に固定したヌクレオシドアナログ(図1,6〜9)が考えられる。

1. D, L - ハ イ ブ リ ッ ド ド デ カ ヌ ク レ オ チ ド (3) の NMR に よ る structure (3) の heavy water で の DQF - COSY, NOESY ス ペ ク ト ル を し, そ の parsing line を っ た と こ ろ non natural L - ヌ ク レ オ チ ド residues で あ る G4 residues の sugar department は standard な S - type の コ ン ホ メ ー シ ョ ン を と っ て い た が, グ リ コ シ ド combining ま わ り の コ ン ホ メ ー シ ョ ン は DNA と し て は very に dilute な Low type anti を と っ て い る こ と が Ming ら か と な っ た. 2. D, L - ハ イ ブ リ ッ ド ド デ カ ヌ ク レ オ チ ド の double ら せ ん tectonic の に thermodynamic stability time (1) ~ (5) の double lock と し て の stability を review 価 す る た め Tm numerical の concentration dependence を べ, van 't Hoff The plot に よ り thermodynamic パ ラ メ ー タ の calculate を line っ た と こ ろ, L - ヌ ク レ オ チ ド の import に よ っ て double lock forming の free エ ネ ル ギ ー variations change (Δ G ^.) Youdaoplaceholder0 approximate ね4Kcal/mol small さくなって さくなって る る とがわ とがわ った った った(Table 1). こ れ は 12 residues in L - ヌ ク レ オ チ ド を 5 ~ 6 residues import す る と double lock を form で き な く な る こ と を mean し て お り, L - オ リ ゴ ヌ ク レ オ チ ド が と DNA double lock を form で き な い と い う report と よ く consistent し て い る. 3. The new rules ア ン チ セ ン ス ヌ ク レ オ チ ド の design above の results か ら, L - ヌ ク レ オ シ ド を ベ ー ス に し た new rules ア ン チ セ ン ス molecular と し て, グ リ コ シ ド combining ま わ り の コ ン ホ メ ー シ ョ ン を Low fixed type anti に し た ヌ ク レ オ シ ド ア ナ ロ グ (図 1, 6 ~ 9) が exam え ら れ る.