統合化ゲノムデータベースの開発に関する研究

综合基因组数据库开发研究

• 批准号: 06780325
• 负责人: 坂本 憲広
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06780325/
• 关键词: 知的データベース; ゲノム情報; オブジェクト指向データベース

本研究は、急速に蓄積するゲノム情報を効率的に管理し、さらにそれらを解析しそこから未知の生物学的知識を引き出すことの可能な統合化ゲノムデータベースの開発を目的として行った。現存のゲノムデータの多くはテキストフォーマット(フラットファイル)のままであり、関係データベースによって管理されているものも一部ある。本研究では、ゲノムデータに共通の特徴を扱う親クラスを頂点に作り、その下に、まず、特に利用頻度が高いと考えられるGenBank、GDB、PIRについてそれぞれに対応したクラスを作り、ゲノム情報を一つのオブジェクト指向データベースの元に統合した。ここで、作成したクラス構造は汎用性があり新しいデータベースを容易に取り込めるように留意した。そのため、GenBankのために生成した約50のクラスのうち、約70%がGDB、PIRのデータを統合するのに再利用できた。また、従来のデータバンクでは、データとその解析ツールが独立に提供されているため非常に使い辛かったが、本研究では、オブジェクトに付随したメソッドとして、現在まで開発されてきた様々な解析ツール群(blast, fastaなど)を再定義し、データベース中に格納した。しかし、本研究の開発はSmalltalk上で行ったため、C言語で実装されている既存のツールに比べて実行速度に関して問題があった。さらに、計算機になじみの薄い生物学者が苦痛なく自由に検索できるよう高機能のグラフィックユーザインターフェイスを開発し、データベース中の全ての情報がマウスのクリックだけで参照できる機能を実現した。また、従来我々が開発してきた演繹データーベースとの統合も行い、ユーザはルール表現に基づいてデータベース検索も可能である。今年度の段階でオブジェクト指向技術を利用したゲノムの統合はほぼ完成したと考えられるので、今後はこれをさらに拡張し、ニューロコンピューティングや遺伝的アルゴリズムの手法をデータベースに統合した知的データベースの開発を目指す予定である。

This study aims to rapidly accumulate information and efficiently manage, analyze, introduce and integrate biological knowledge. There are a number of existing problems, such as the lack of information, and the lack of information. In this study, the common characteristics of the data center are: the top of the data center, the bottom of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the data center, the top of the data center, the data center, the bottom of the data center, the top of the data center, the data center, the The structure is universal and easy to use. About 50 percent of the data generated by GenBank and 70 percent of the data generated by GDB and PIR are reused. In this study, we redefined the blast, fasta and analysis groups in the blast, fasta and analysis groups. The blast, fasta and analysis groups were redefined in the blast, fasta and analysis groups. This study is based on Smalltalk, C language, and C language. In addition, the computer and the thin Chinese biologist have the ability to freely search for information, and the function of high function is realized. The first step is to create a new environment for the future development of the company. This year's phase of the integration of technology to complete the test, the future of the development of technology, the integration of technology to determine the development of technology

项目成果

Norihiro Sakamoto: "Designing and and Integrating Human Genome Data with Object-Oriented Technology" Lecture Notes in Computer Science. 856. 145-152 (1994)

Norihiro Sakamoto：“用面向对象技术设计和集成人类基因组数据”计算机科学讲义。

Norihiro Sakamoto: "A deductive Database System for Analyzing Nucleotide Sequence Data" International Jurnal of Biomedical Computing. 36. 171-179 (1994)

Norihiro Sakamoto：“用于分析核苷酸序列数据的演绎数据库系统”国际生物医学计算杂志。