塩基配列直接解読によるミイラ等陳旧試料のDNA分析法の確立

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近年、法医鑑識においてDNA鑑定への期待が大きいが、対象となる試料の多くの陳旧試料であるため、DNA抽出時に混入する不純物が時としてPCR反応を阻害し、遺伝子型をタイピングできない場合もある。本研究では、ミイラ等陳旧試料から、より純度の高いDNAを効率良く得るために、DNAの抽出・精製法の改良を行った。さらに、得られたPCR産物から、クローニング法により各アリルを単離した後、自動シーケンサーを用いて直接塩基配列を解読することにより、遺伝子型を判定するタイピング法を確立し、個人識別への応用を目指した。ミイラ等陳旧試料を用いて、従来報告されている有機溶媒による抽出法、メンブレンフィルター法等の各種抽出・精製法を検証したところ、フェノール抽出法に加え、シリカをベースとしたレジンによるDNA精製法を併用すると、他の各種精製キットに比べ不純物がかなり除去されることがわかった。このレジンよる精製法は短時間にかつ簡便に行うことができるので、有効な方法と考えられる。こうして抽出したDNAから、HLAクラスIIの各遺伝子の第2エクソン部分を増幅して得られた各PCR産物について、クローニング後、自動シーケンサーを用いて塩基配列を解読した結果、各遺伝子型を確実に判定することができた。クローニング法を用いると、各アリルを容易に単離することができるので、特にヘテロ接合体の場合には有効であった。また、STRでは、リピート数が塩基配列上で決定できるばかりでなく、内部の塩基配列の相異も検出することができた。以上の方法は、他の遺伝マーカーにも応用が可能であり、様々な陳旧な法医資料や考古学的資料からのDNAタイピングに有用と思われる。