Ab initio法によるタンパク質X線結晶構造解析の迅速化
使用从头算法加速蛋白质 X 射线晶体结构分析
基本信息
- 批准号:11169230
- 负责人:
- 金额:$ 1.73万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
- 财政年份:1999
- 资助国家:日本
- 起止时间:1999 至 2000
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は、タンパク質結晶の高分解能X線回折データに適用出来るab initio構造決定プログラムの開発である。そのために、申請者が開発したプログラム・LODEMの改良を行い、Protein Data Bankに実測データが公表されているタンパク質で分解能が1.2Åを越える19個を抜粋してLODEMによるテスト計算を行ってみた。その結果、Fe等の金属が含まれ,独立な原子数が1000(分子量約14kDa)以下であれば、構造はLODEMのdefault runにより、ほぼ自動的に解けることが判明した。また、Patterson関数における自動ピークサーチを導入し、分子量25kDaの金属蛋白質の構造決定に成功した。研究開始直後は最小関数法の利用を考えていたが、分子量の大きなものにはあまり有効では無いことが判明した。金属を含まないタンパク質では、887個の原子からなるcalponin homology domain(1BKR)等の構造決定に成功している。また、従来の直接法では解きにくい構造未知のpolypeptideも本研究により開発したプログラムにより解けている。また、本研究に関連した成果として、準結晶のab initio構造決定に初めて成功したことを挙げておくべきだろう。本研究で用いた方法を高次元空間における電子密度を扱えるように拡張し、未知の構造を持つicosahedral-ZnMgHoの原子占有領域の位置と形状を決定することに成功した。これにより、3次元空間でのHoの位置をほぼ特定出来た。
The purpose of this study is to develop ab initio structure determination methods for high resolution energy X-ray diffraction of crystalline materials. In addition, the number of applications for LODEM improvement is 1.2, and the number of applications for LODEM improvement is 19. As a result, it has been found that metals such as Fe are contained, the independent atomic number is below 1000(molecular weight is about 14kDa), the structure is similar to the default run of LODEM, and the solution is automatic. The structure determination of metalloprotein with molecular weight of 25kDa was successfully carried out. After the study began, the use of the minimum number method was examined and the molecular weight was determined. The structure determination of metal containing 887 atoms in the calponin homology domain(1BKR) was successful. In this study, the structure of unknown polypeptide was studied by direct method. In addition, the results related to this research and the initial success of the ab initio structural decision of quasicrystals are welcome. In this study, the electron density in high dimensional space is determined by the position and shape of the atomic occupied domain of icosahedral-ZnMgHo. The location of Ho in 3D space is specified.
项目成果
期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
H.Takakura et al.: "Ab initio structure determination of icosahedral Zn-Mg-Ho quasicrystals by density modification method."Physical Review Letters. 86. 236-239 (2001)
H.Takakura 等人:“通过密度修正法从头计算二十面体 Zn-Mg-Ho 准晶体的结构。”物理评论快报。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Mitsunobu Doi: "N-[3-(Cytosin-L-yl)propionyl]-L-isoleucine,a heavily hydrated Structure with four cytosine-isoleucine hybrids in the asymmetric unit"Acta Crystallographica. C55. 1865-1867 (1999)
Mitsunobu Doi:“N-[3-(胞嘧啶-L-基)丙酰基]-L-异亮氨酸,一种高度水合的结构,在不对称单元中具有四个胞嘧啶-异亮氨酸杂合体”晶体学报。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
N.Matsugaki et al.: "Ab initio structure determinations by direct space methods : tests of low-density elimination."Acta Crystallographica. D57. 95-100 (2001)
N.Matsugaki 等人:“通过直接空间方法从头开始结构测定:低密度消除测试。”晶体学报。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
M.Doi et al.: "Unique sodium-caged structure of a potent endothelin inhibitor : crystal structure of BQ123 sodium salt, cyclo (D-Trp-D-Asp-Pro-D-Val-Leu-).Na+."Chemical Communications. 743-744 (2000)
M.Doi 等人:“有效内皮素抑制剂的独特钠笼结构:BQ123 钠盐的晶体结构,环 (D-Trp-D-Asp-Pro-D-Val-Leu-).Na。”化学
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
M.Doi et al.: "N-[3-(Cytosin-1-yl)propionyl]-L-isoleucine, a heavily hydratied structure with four cytosine-isoleucine hybrids in the asymmetric unit,"Acta Crystallographica. C55. 1865-1867 (1999)
M.Doi 等人:“N-[3-(胞嘧啶-1-基)丙酰基]-L-异亮氨酸,一种高度水合的结构,在不对称单元中具有四个胞嘧啶-异亮氨酸杂合体,”晶体学报。
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塩野 正明其他文献
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X線回析によるタンパク質結晶の直接構造決定法
通过 X 射线衍射直接测定蛋白质晶体的结构
- 批准号:
06680655 - 财政年份:1994
- 资助金额:
$ 1.73万 - 项目类别:
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$ 1.73万 - 项目类别:
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