分散情報処理システムを用いた遺伝子構造解析
利用分布式信息处理系统进行基因结构分析
基本信息
- 批准号:03J61575
- 负责人:
- 金额:$ 1.41万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2003
- 资助国家:日本
- 起止时间:2003 至 2004
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
昨年度に引き続き、遺伝子配列データベースと配列解析プログラムを互いに協調させ、細胞性粘菌の遺伝子構造解析と非転写領域の解析を行う分散システムの開発に取り組んだ。本年度は、昨年度得られた結果を改良、発展させるため、以下に掲げる項目について作業を行った。1.遺伝子構造の決定高精度の遺伝子構造決定を実現するため、2つの遺伝子特定プログラムGeneSeqerとsim4を用いてゲノム配列と完全長cDNAクローン配列とのアラインメントを行った。これらの結果を合成し、6180箇所の独立遺伝子領域を特定しその構造を決定し、XML形式のデータのデータとして得た。この結果を用いて非転写領域、すなわちイントロンと転写開始点上流のゲノム配列の取得を行い、それらを昨年度構築したデータベースに格納した。2.非転写領域配列の特徴抽出プログラムの開発1.で得られたデータベースと接続し、非転写領域配列から(1)当該遺伝子の発現時期、(2)配列の位置、(1)かつ(2)に特異的に現れるエレメントを抽出するプログラムを開発した。さらに、この出力結果を生物学的に検証するため、他生物を含む既知遺伝子データベースを活用し、抽出されたエレメントを持つ当該遺伝子群の機能アノテーションを取得するプログラムを作成した。3.分散協調処理を実現する通信フレームワークの構築昨年度構築したCORBA準拠の通信フレームワークに、SOAPに準拠したインターフェイスを追加実装し、Web上でより柔軟な運用を可能とした。動的計画法を核とする2.の特徴抽出プログラムの実行には、膨大な計算量を必要とする。3つのネットワークドメインに分散配置された計7台のPCを用いて分散協調処理を行うことにより、長さ4から10までの特徴配列の抽出をおよそ30時間で実行することができた。この結果、これまでに46本の時間的に特徴のある配列を抽出することができた。
In the year of last year, there was an introduction, a sub-configuration, an analysis, an analysis, a mutual agreement, and a non-writing domain analysis of myxomycetes. The results of this year and last year have been improved, the exhibition has been completed, and the following projects have been completed. 1. To determine the accuracy of the system, and to determine that the full-length cDNA of the full-length cDNA is allocated to the full-length cDNA in the system-specific system of the system, which is based on the accuracy of the system, and the overall performance of the system. The results show that the decision is made in the field of independent information in 6180, and the decision is successful in the form of XML. The results show that the configuration of the upper-stream configuration at the starting point in the non-writing field and the starting point has been completed, and that has been verified in the previous year. two。 In the non-writing field, special extraction is required to open 1. It is necessary to apply the following information: (1) when the current time of the device is available, (2) the location of the column, and (1) the location of the column. (2) the location of the column, (1) the location of the column, and (1) the location of the column. The results of the experiment and the results of the results showed that the biological information was not available in the biological system, and the other biology contained the knowledge that the sub-group of the animal was able to obtain information about how to use it and how to use it. 3. In the last year of the year, the CORBA program was scheduled to communicate with each other. The SOAP protocol was used to modify the equipment, and on the Web, it was possible to use the software. The planning method of motion is checked. 2. It is necessary to draw out the necessary information for the calculation of the volume of expansion and expansion. (3) to conduct a survey of the decentralized configuration of seven PC units using the distributed coordination mechanism for each customer. The special train for the delivery of the telephone and the growth of 4 years and 10 years will be drawn out for 30 hours. The results of the test, please check the 46 special features in this period of time, and you will be able to extract the information from the system.
项目成果
期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Norio Kobayashi, Mircea marin, Tetsuo Ida: "A Web Oriented System for Equational Solving"Proceedings of the 12th International Workshop on Functional and (Constraint) Logic Programming (WFLP2003). 309-312 (2003)
Norio Kobayashi、Mircea marin、Tetsuo Ida:“面向 Web 的方程求解系统”第 12 届函数和(约束)逻辑编程国际研讨会 (WFLP2003) 论文集。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
On the development of an analysis system for upstream sequences in Dictyostelium discoideum genome.
盘基网柄菌基因组上游序列分析系统的开发。
- DOI:
- 发表时间:2005
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Kobayashi;N.
- 通讯作者:N.
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小林 紀郎其他文献
LOD Surfer API: クラス間関係に基づく LOD探索のためのウェブAPI.
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- DOI:
- 发表时间:
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- 作者:
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古崎 晃司.
LOD Surfer API: クラス間関係を用いたLODからの情報抽出Web API
LOD Surfer API:用于使用类间关系从 LOD 中提取信息的 Web API
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
山口 敦子;小林 紀郎;臼田 大輝;桝屋 啓志;山本 泰智;古崎 晃司 - 通讯作者:
古崎 晃司
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