作物の形を支配する遺伝子解明のための新しいQTL解析理論の構築

建立新的QTL分析理论来阐明控制作物形状的基因

• 批准号: 15780007
• 负责人: 岩田 洋佳
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: National Agricultural Research Organization
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15780007/
• 关键词: 量的形質遺伝子座; 遺伝子連鎖地図; 形; 多次元形質

方法1.前年度に開発した量的形質遺伝子座(Quantitative Trait Loci:QTL)解析の基盤となる遺伝子連鎖地図を作成するためのアルゴリズムについて,その解析効率をシミュレーシと実データで評価する.また,一般配布可能なプログラムを作成する.2.高次多次元形質のQTL解析のための手法を開発する.3.作物形態を精密に撮影し,デジタル画像から形状特徴を多次元データとして定量的に計測する画像解析システムを構築する.4.開発されるQTL解析手法を実データに応用し,高次多次元形質の一例である作物形状を支配するQTLの検出を試みる.結果の概要1.Ant Colony Optimization(ACO)を応用した連鎖地図作成のためのアルゴリズムを実装した連鎖地図作成プログラムAntMapを新たに開発した.プログラム開発にはJava言語利用し,様々なOS環境で利用できるようにした.また,一般配布に向け詳細なユーザーズマニュアルを作成した.2.シミュレーションの結果,ACOを用いた連鎖地図作成アルゴリズムは,精度・効率ともに極めて良好であった.実データでも極めて迅速に地図を作製できることが示された。例えば,あそみのり/IR24RIL家系データ(375マーカー)で約7秒(CPU:Intel Pentium M 1.6GHz)で連鎖地図を構築できた.3.RGRCで配布されているイネ6家系について,1系統20粒ずつ,計13611粒のイネ籾の形状を構築した画像解析システムを用いて定量的に計測した.4.高次多次元形質のQTL解析手法として,リッジ回帰と区間マッピング法を組み合わせた手法を新たに開発した.この方法では,従来法のように解析に用いるマーカーの選択の必要がなく,その選択組合せにより結果が異なるというような人為による影響を排除できる.5.開発した手法により,各マーカー領域についてイネ籾形に及ぼす効果を推定することができた.推定された効果に基づきQTLが座乗すると考えられる染色体断片を予測できた.

Method 1. The figure of the previous year's sales volume (Quantitative Trait Loci:QTL) is analyzed. The basic information system is used as a sub-link, and the system is designed to improve the overall performance. Please tell me that the general cloth may be made into a cloth. 2. High-order multi-element QTL analysis of high-order multi-element analysis. 3. Crop shape, precision, portrait, shape, multi-element, multi-element, quantitative, quantitative, The method of QTL analysis is used in this paper, and the high-order multiple shape is used in an example. The shape of the crop dominates the output of the QTL. Summary of the results 1.Ant Colony Optimization (ACO) system uses a link to create a new AntMap program. Make full use of the Java language, and make use of the OS environment. Please tell me that the general distribution cloth is used to make the whole package. 2. The results show that the ACO system is connected to each other and the accuracy and accuracy are very good. I don't know what to do. I don't know. I don't know. For example, the CPU:Intel Pentium M 1.6GHz was used for 7 seconds. 3.RGRC was distributed in 6 families, 20 tablets in 1 system, and a total of 13611 tablets were used to analyze the image of the family. 4. The high-order multi-element QTL analysis method is effective, and the combination method of the high-order multi-element QTL analysis method is a new one. The method is correct, and the method is used to analyze the use of the computer to select the necessary computers and to select the combination of computers. The results show that people do not have the ability to remove the necessary information. 5. In the field of medical treatment, it is presumed that there is a problem in the field. It is presumed that chromosomal fragments are predetermined by QTL test.