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3次元再構築法を用いた根粒形成遺伝子の立体的発現解析

利用三维重建法对结瘤基因进行三维表达分析

基本信息

批准号：
04J01336
负责人：
金森紀仁
金额：
$ 2.18万
依托单位：
National Agriculture and Food Research Organization (2006)National Food Research Institute (2004-2005)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

熱帯地方のパイオニアプラントとして用いられているモルッカネムの根粒からmRNAを精製し、cDNAライブラリを作成した。約1000個のクローンの中からインサートが十分の長さ挿入されている100個のクローンについてシークエンス解析を行ったところ70遺伝子の単離に成功した。成熟根粒で過剰に発現していると考えられるレグヘモグロビンは100クローン中8クローンを占め、今回のライブラリが正確であることが確認できた。単離した70の候補遺伝子についてRT-PCR法を用いて根粒特異的に発現する8遺伝子に絞り込んだ。8遺伝子についてはRACE法を用いて全長を単離し、BLASTN, BLASTXによる相同性検索を行ったところ、ノジュリン遺伝子として知られるレグヘモグロビン、enod12,enod40,MtN21遺伝子との相同性が確認できた。ノジュリン遺伝子の他にもproline-rich protein、セリンカルボキシペプチダーゼ、2種類のunknown proteinが含まれており、根粒形成には今までに単離されていない遺伝子の関与が示唆された。これらの遺伝子を用いてin situ hybridization法で根粒内の組織特異性を調べたところ、すべて遺伝子が根粒内の特異的な組織で働いていることを確認した。さらにすべての切片のin situ hybridizationの情報をPCに取り込み、3次元再構築法を用いて立体的に遺伝子の発現を見ることに成功した(投稿準備中)。組織特異的な発現観察が立体的に出来るようになり、今後1つの遺伝子解析のツールとして使えると考えている。

The gene expression of mRNA and cDNA was refined and produced in the hot zone. About 1000 of them were successfully separated from each other by 100 of them. Mature root grains are found in the middle of the test, and now they are confirmed. 70 candidate genes were detected by RT-PCR, and 8 candidate genes were detected by RT-PCR. 8. The RACE method was used to identify the identity of the full length, BLASTN, BLASTX, and the identity of the enod12,enod40, and MtN21. Other proline-rich proteins, such as protein, protein, 2 kinds of unknown proteins, are used to express the relationship between protein and root grain formation. The tissue specificity in the root grains was determined by the method of situ hybridization. The information of in situ hybridization of the slice was successfully extracted from PC, and the three-dimensional reconstruction method was successfully used in the discovery of three-dimensional information (submission preparation). Tissue specific discovery of the three-dimensional analysis of the next 1:00