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転写伸長因子DSIFおよびNELFによる新規遺伝子発現制御機構の解析

转录延伸因子 DSIF 和 NELF 的新型基因表达控制机制分析

基本信息

批准号：
05J08656
负责人：
相田将俊
金额：
$ 1.73万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05J08656/
关键词：
転写伸長因子転写制御 DSIF NELF ChIP-chip 遺伝子発現

项目摘要

転写伸長因子DSIFおよびNELFは協調してRNAポリメラーゼII(RNAPII)に作用し、転写伸長を一時停止させる生化学的活性をもつ。しかし、その機能の生理学的な役割はあまり理解が進んでいない。本年度は研究の第二段階としてDSIFとNELFによりRNAPIIが一時停止する領域をゲノムワイドに探索した。まず抗NELF-E抗体で免疫沈降したDNAをSACO(serial analysis of chromatin occupancy)という手法を用いて21bpのタグに変換し、このタグのゲノム上の位置を確認した。得られたタグの位置を転写開始点からの距離によって分類すると、プロモーター近傍領域のDNAが非常に効率よく抗NELF抗体によって免疫沈降されることが分かった。そこで、探索の範囲をプロモーター近傍に絞り込み、約2万5千転写開始点とその周辺を網羅したプロモーターアレイを用いて、いわゆるChIP-chipの手法でRNAPIIとNELFの結合領域を探索した。その結果、NELFはRNAPIIの結合するほぼ全てのプロモーター近傍領域に共局在しており、同領域で普遍的にRNAPIIの転写伸長を抑制していることが分かった。ところが、RNAiによりNELFをノックダウンした細胞で同様にRNAPIIについてChIP-chipをおこなうと、RNAPIIのプロモーター近傍への結合はNELF依存的なものと非依存的なものの2つに分けられることが分かった。この結果はプロモーターにおける転写開始前複合体形成の効率とDSIF,NELFによる一時停止複合体の形成効率は遺伝子によって異なることを示しているようである。実際に、DSIFやNELFの結合は一般性が高いものの、全ての遺伝子において等しく作用してはいないことが以前から示唆されていた。現在、以上に幾つかの解析を補い、論文にまとめる段階に達している。

Write the elongation factor DSIF, NELF, coordinate RNA, activate II (RNAPII), and stop the activity of biochemistry as soon as it is written. In terms of physiology, it is important to understand the progress of the disease. In the second paragraph of this year's study, the second paragraph of the study will stop the exploration of the DSIF NELF in the first place of this year. The anti-NELF-E antibody immunoprecipitation method was used to confirm the position of the anti-NELF-E antibody in the upper part of the body. It is necessary to determine the location, location, starting point, distance, location, location You need to learn more about how to do this, and you can start with about 25,000 write starting points. You can use RNAPII, ChIP-chip, NELF, and field search tools to start your writing. According to the results of the experiment, the combination of the NELF RNAPII method and the comprehensive information system in the near field has a strong effect on the growth of the RNAPII system in the same field. The cell size is the same as that of the RNAPII cluster, the ChIP-chip cluster, the RNAPII cluster, the NELF-dependent, the non-dependent, the NELF-dependent, the non-dependent. The result shows that before the start of writing, the rate of DSIF,NELF formation will be stopped while the rate of formation of the complex will stop. The error rate will not change. The combination of international information, DSIF NELF and general information system, full information system, and so on, has the effect of instigating information in the past. At present, the above information is available in the analysis and analysis of the text.