比較ゲノム構造解析と生化学的再構成による細菌核様体構築原理の探索

通过比较基因组结构分析和生化重建探索细菌类核构建原理

• 批准号: 06J02998
• 负责人: 金 重伯
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06J02998/
• 关键词: 染色体; クロマチン; 原子間力顕微鏡

1.核様体の基本構造構築原理の究明(1)精製したプラスミドDNAと精製したHUやIHF、とから40nmファイバーを安定に再構成する方法を確立する。(2)Huとプラスミドから再構成したファイバーを基本に、それに対するIHF、H-Ns、Fisといったタンパク質添加の効果を調べる。(3)結果:プラスミド構造体の単離方法を確立し、大腸菌染色体構造の一つのビーズはRNAポリメラーゼなどを含む転写活性構造だったことを明らかにした。2.Dpsの発現制御機構の解明(1)酸化ストレス下におけるゲノム構造の観察/欠損株を用いた解析/強制発現系における解析(2)結果:大腸菌染色体の単離方法を確立し、バクテリア染色体も真核生物染色体と同様の高次構造が存在することを明らかにした。特に凝縮されている構造はDpsタンパク質が関連されていることを証明した。3.菌界における凝集機構の普遍性と特異性(1)各制御因子の菌界における分布、ならびにDPSプロモーターにおける制御因子の結合部位の同定から菌界におけるDps発現制御系の進化的側面を明らかにする。(2)代表種を用いて実際に予測された制御系が働いているかどうかを調べる。(3)結果:葡萄状球菌染色体の構造解析に成功し、大腸菌染色体で観察された高次構造は菌界全般のバクテリア染色体に普遍的に存在することを明らかにした。

1. A study of the basic structural principles of nuclei (1) Establishment of methods for refining DNA, refining HU, IHF, and stabilizing DNA to 40nm. (2)Hu IHF, H-Ns, Fis, and quality adjustment (3)Results: The method of isolation of E. coli chromosome structure was established. The structure of E. coli chromosome was characterized by DNA sequencing and DNA sequencing. 2. Explanation of the discovery control mechanism of Dps (1) Analysis of the observation/damage analysis of the human structure required under acidic conditions/forced discovery system (2) Results: The isolation method of Escherichia coli chromosomes has been established, and it is now clear that the same higher-order structure exists in eukaryotic chromosomes. Special condensation of the structure of the Dps and the quality of the connection 3. Universality and Specificity of Agglutination Mechanism in Bacteria (1) Distribution of Inhibitors in Bacteria, Identification of Binding Sites of Inhibitors in Bacteria, and Evolution of Inhibitors in Bacteria. (2)On behalf of the species, the prediction system is used in the middle of the test. (3)Results: The chromosome structure of Staphylococcus was analyzed successfully, and the chromosome structure of Escherichia coli was observed.

项目成果

Bacterial nucleoid dynamics:: oxidative stress response in Staphylococcus aureus

• DOI: 10.1111/j.1365-2443.2006.00949.x
• 发表时间: 2006-04-01
• 期刊: GENES TO CELLS
• 影响因子: 2.1
• 作者: Morikawa, K;Ohniwa, RL;Takeyasu, K
• 通讯作者: Takeyasu, K

Atomic force Microscopy dissects the hierarchy of genome architectures in eukaryote, prokaryote, and chloroplast

• DOI: 10.1017/s1431927607070055
• 发表时间: 2007-02-01
• 期刊: MICROSCOPY AND MICROANALYSIS
• 影响因子: 2.8
• 作者: Ohniwa, R. L.;Morikawa, K.;Takeyasu, K.
• 通讯作者: Takeyasu, K.

Dynamic state of DNA topology is essential for genome condensation in bacteria

• DOI: 10.1038/sj.emboj.7601414
• 发表时间: 2006-11-29
• 期刊: EMBO JOURNAL
• 影响因子: 11.4
• 作者: Ohniwa, Ryosuke L.;Morikawa, Kazuya;Takeyasu, Kunio
• 通讯作者: Takeyasu, Kunio

Biochemical, molecular genetic and structural analyses of the Staphylococcal nucleoid.

葡萄球菌核的生化、分子遗传学和结构分析。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Microscopy and Microanalysis 13
• 作者: K. Morikawa;R.L. Ohniwa;J. Kim;S.L. Takeshita;A. Maruyama;Y. Inose;K. Takeyasu;T. Ohta
• 通讯作者: T. Ohta