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転写開始点データベースDBTSSの拡張とプロモータ解析

转录起始位点数据库DBTSS的扩展和启动子分析

基本信息

批准号：
18700286
负责人：
山下理宇
金额：
$ 2.24万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)DBTSSへのデータの追加発現量とプロモータを組み合わせた解析ができるようにLamb(2005)らによって報告され、Connecitvitymapとして知られているマイクロアレイのデータ454種を入手した。これを用いてある薬剤で誘導されている遺伝子群、及び、そのプロモータ領域を抽出できる機能を付加した。さらに、そのプロモータにおいてTRANSFACの既知転写因子結合部位を予測し、濃縮されている結合部位を推定する機能を追加した。また、大規模シークエンサーSOLEXA由来の配列を導入した。DBTSSは、毎月10万件以上のアクセスがあり、転写制御解析の重要なデータベースとして位置づけられていると考えられる。(2)terminal oligo-pyrimidine(TOP)配列を持つ遺伝子の網羅的解析転写開始点は、initiatorとpyrimidine-richな配列のどちらかにおおよそ分かれることを見いだした。後者は、TPOと知られており、饑餓状態や薬剤処理により優先的にリボソームを解離させるという翻訳レベルでの発現制御を受けていることが報告されている。そこで、このTOP配列に着目し、それを持つ遺伝子の網羅的検出を行った結果、ヒトで1645遺伝子に見い出された。さらに、マウスのオーソログ遺伝子にもTOP配列が見つかった239遺伝子に関して実験的な検証を行った。その結果、翻訳制御の程度とmRNAの長さは逆相関の関係(-0.61)にあることがわかった。(3)大規模シークエンサーから得られた配列によるプロモータの同定と解析データとして15種類の実験に基づくSOLEXA由来のデータ約3億配列を使用した。得られた配列をゲノムにマッピングし、500bp以内にある転写開始点を一つのプロモータの単位とした結果、75918のプロモータが同定された。このうち、36251プロモータが既知遺伝子8879遺伝子に相当し、一遺伝子当たり約4個の選択的プロモータを定義できたことになった。また、プロモータにCpG islandsがあるプロモータでは、発現頻度が各サンプル間でばらつかないことが示唆された。

(1)DBTSS's data collection and analysis of DBTSS data collection and analysis. This function is enhanced by the ability to extract information from a group of media and other media. In addition, the function of predicting and concentrating binding sites of known factors in TRANSFAC is added. SOLEXA is a large-scale service provider. DBTSS has more than 100,000 items per month, and it is important to write the system analysis. (2)terminal oligo-pyridine (TOP) allocation The latter, TPO, knowledge, hunger, treatment, priority, disassociation, discovery, control, acceptance, and reporting. This is the first time that a child has been born, and the first time that a child has been born. In addition, it is necessary to check the quality of the products. The correlation between the results and the length of mRNA was (-0.61). (3)The large-scale distribution of SOLEXA is about 300 million. In order to obtain the correct alignment, we need to set the starting point within 500bp. In order to obtain the correct alignment, we need to set the starting point within 75918 bp. 36251 The CpG islands appear frequently in different locations.