A method for exhaustive similarity search of genomic positional expression.

一种基因组位置表达的详尽相似性搜索方法。

• 批准号: 19700275
• 负责人: SENO Shigeto
• 金额: $ 2.47万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19700275/
• 关键词: 生物情報学; 類似構造探索; トランスクリプトーム解析; 発現プロファイル; ゲノム; 類似構造検索

I carried out analyses of gene expression patterns using the cap analysis gene expression (CAGE) method for exploring systematic views of tanscriptomes. Counting the number of mapped CAGE tags for fixed-length regions allows determination of the genomic expression levels. I developed a novel algorithm which provides a novel view to the genome from the genomic positional expression, and also developed a method based on graph algorithm and statistical approach for discovering tissue-specific regulation of alternative transcripts through a genome-wide analysis.

我使用帽分析基因表达（CAGE）方法进行基因表达模式分析，以探索转录组的系统观点。计算固定长度区域的CAGE标签数量可以确定基因组表达水平。我开发了一种新的算法，从基因组的位置表达提供了一个新的视角，并开发了一种基于图算法和统计方法的方法，通过全基因组分析发现替代转录物的组织特异性调控。

项目成果

グラフ構造を用いた組織特異的な選択的スプライシングの解析手法

基于图结构的组织特异性选择性剪接分析方法

• 发表时间: 2007
• 作者: 瀬尾茂人;竹中要一;松田秀雄
• 通讯作者: 松田秀雄

A Combination Method of the Tanimoto Coefficient arid Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction

复合活动预测的谷本系数和随机森林邻近度量的组合方法

• 期刊: IPSJ Thfansactions on Bioinformatics In press
• 作者: 下川敏雄;他;Gen Kawamura
• 通讯作者: Gen Kawamura

A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction

• DOI: 10.2197/ipsjdc.4.238
• 发表时间: 2008-03
• 期刊: Ipsj Digital Courier
• 作者: G. Kawamura;S. Seno;Y. Takenaka;H. Matsuda

A Clustering Method for Expression Patterns of Transcription Starting Sites

转录起始位点表达模式的聚类方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Mitsuru Jikeya;Shigeto Seno;Yoichi Takenaka;Hideo Matsuda
• 通讯作者: Hideo Matsuda

A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using -Staging

使用分期加速生物学研究的分布式处理系统

• 期刊: IPSJ Transactions on Bioinformatics In press
• 作者: 下川敏雄;他;Yoshiyuki Kido
• 通讯作者: Yoshiyuki Kido