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Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein

Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein
朊病毒蛋白的自由能景观分析
批准号：
19700279
负责人：
SEKIJIMA Masakazu
金额：
$1.24万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19700279/
关键词：
コンピュータシミュレーション生命情報工学分子動力学シミュレーションタンパク質隠れマルコフモデルフォールディングバイオインフォマティクスフオールデイング

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项目成果

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英文摘要
大規模シミュレーションを実行することで、慣性半径(Rg, Radius of gyration)と初期構造からのRMSD (Root Mean Square Deviation)に対しての自由エネルギー地形を求め、マウスとウシのプリオンタンパク質に自由エネルギー最小な状態の他に、構造転換の中間状態となり得る準安定状態が存在することを示した。
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会议论文
Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor
细胞处理器上分子动力学模拟的优化
DOI： --
发表时间： 2007
期刊： In Proceedings of the 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007)
影响因子： --
作者： [M. Sasaki, M. Sekijima, M. Takata, and K. Joe]
通讯作者： and K. Joe
超並列計算機を用いた生体分子解析 一疾病関連蛋白質解析と世界最小蛋白質設計への応用-
使用大规模并行计算机进行生物分子分析 - 疾病相关蛋白质分析及其应用于世界上最小的蛋白质设计 -
DOI： --
发表时间： 2007
期刊：
影响因子： --
作者： [関嶋 政和, ほか]
通讯作者： ほか
Dvelopment of SVM based Prediction System for Metalbinding Sites in Protein
基于SVM的蛋白质金属结合位点预测系统的开发
DOI： --
发表时间： 2007
期刊： In Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007)
影响因子： --
作者： [M. Nakazawa, M. Takata, K. Yokota, T. Noguchi, M. Sekijima, and K. Joe]
通讯作者： and K. Joe
招待講演 M. Sekijima,"Application of HPC to the analysis of disease related protein and the design of novel proteins",Hardware and software for large-scale biological computing in the next decade, 2007, Okinawa
特邀演讲M. Sekijima，“HPC在疾病相关蛋白质分析和新型蛋白质设计中的应用”，未来十年大规模生物计算的硬件和软件，2007年，冲绳
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
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