Molecular Informatical Breakthrough on the Water Molecule Network Controlled by Biomacromolecules and Cosolvents

生物大分子和助溶剂控制的水分子网络的分子信息学突破

• 批准号: 19750004
• 负责人: YU Isseki
• 金额: $ 2.39万
• 依托单位: Aoyama Gakuin University (2008-2009)Nagoya University (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19750004/
• 关键词: 分子動力学; タンパク質; エクトイン; 溶媒効果; 選択的水和; Kirkwood-Buff理論; 計算化学; 理論化学; 生物物理

In the cells of organisms living in the extreme environments, organic cosolvents, such as amino acids or sugars, are accumulated in high concentrations. This study aims to understand the influence of cosolvent additions on the property of water molecules and on the function of biomacromolecules. Using the molecular dynamic simulation combined with the statistical mechanical theory of liquid, some of the microscopic mechanisms of cosolvent protecting the protein structure against the high temperature were elucidated.

在极端环境中生活的生物体细胞中，有机共溶剂，如氨基酸或糖，以高浓度积累。本研究旨在了解助溶剂的加入对水分子性质和生物大分子功能的影响。利用分子动力学模拟结合液体统计力学理论，阐明了助溶剂保护蛋白质结构免受高温损伤的微观机理。

项目成果

Molecular Mechanism of the Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine on the Protein Surface

相容性溶质四氢嘧啶在蛋白质表面优先排斥的分子机制

• 发表时间: 2007
• 作者: 優乙石;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

表面カークウツド. パフ積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解

使用吹胀积分法对蛋白质部分摩尔体积恒定性的微观理解

• 发表时间: 2009
• 作者: 優乙石;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Surficial Kirkwood-Buff Approach

相容溶质四氢嘧啶优先排除的微观理解：表面 Kirkwood-Buff 方法

• 发表时间: 2007
• 作者: Isseki YU;Masataka Nagaoka
• 通讯作者: Masataka Nagaoka

Surficial Kirkwood?Buff Approach Combined with All-Atom Molecular Dynamics Simulation : Analysis of Solvent Structure around Biomolecules

表面 Kirkwood?Buff 方法与全原子分子动力学模拟相结合：生物分子周围溶剂结构的分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Isseki Yu;Masataka Nagaoka
• 通讯作者: Masataka Nagaoka

Solvent Effect on the Protein Structure : Surficial Kirkwood?Buff Approach

溶剂对蛋白质结构的影响：表面 Kirkwood?Buff 方法

• 发表时间: 2009
• 作者: Isseki Yu;Masataka Nagaoka
• 通讯作者: Masataka Nagaoka