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静電相互作用に基づくタンパク質－タンパク質間相互作用の理解

基于静电相互作用理解蛋白质-蛋白质相互作用

基本信息

批准号：
17J06377
负责人：
杉本悠
金额：
$ 2.83万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-04-26 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、タンパク質－タンパク質間相互作用(PPIs)を静電相互作用に着目し、分子シミュレーションを用いてその機構を解明することである。平成30年度は昨年度から引き続き、ターゲットPPIsとして静電相互作用が結合に強く関与しているbarnase-barstarのペアを用いて研究を推進した。2つのタンパク質の結合という長いタイムスケールの現象を追跡するために、効率的に構造空間を探索することができるweighted ensemble(WE)法を用いて計算を行った。また解離状態と結合状態を定義することで、結合速度定数を計算することもできる。そこで独立したWEを3回行い、barnase-barstarの結合速度定数を計算したところ、実験値の10分の1程度であった。これは計算時間が短く正しい値に収束していないためと考えられる。さらに、結合経路を調べるためにWEの全データを2つの手法で解析した。まずマルコフ状態モデルによる解析を行った。この解析ではマルコフ性を満たすために、遷移行列を計算する際に大きなラグタイムを用いる必要がある。しかし大きなラグタイムを用いた場合、WEにおける重みの移動を処理する方法が存在しないため、正しい解析結果が得られなかった。次に、非マルコフ解析を行った。この解析ではマルコフ性を満たす必要がないため、小さなラグタイムを用いることができる。そこで最小のラグタイムを用いて解析を行い、結合速度定数を計算したところ、実験値とよく一致していた。さらにコミッタを計算したところ、大きなコミッタはbarnaseの結合部位上部に広く分散していた。コミッタが広く分散していることは結合部位上部のエネルギー地形が結合部位のごく近傍だけでなく、広範囲に渡り大きなすり鉢状になっていることを示唆している。静電相互作用がこの大きなすり鉢状のエネルギー地形を作り出していると予想している。

The purpose of this study is to investigate the effect of the interaction between the two systems (PPIs) and the molecular mechanism of the interaction. In the 30th year of Pingcheng, we introduced the study of the interaction between PPIs and static interaction in Pingcheng in the past few years. (2) in combination with the long-term monitoring system, the weighted ensemble (WE) method is used to calculate the cost of the bank. The separation status is combined with the status definition, and the speed is combined with the fixed number of speed to calculate the response. Independent WE 3 loop, barnase-barstar combined with speed fixed number to calculate the number of points, 10 points and 1 degree of speed. The calculation time is short and is in the process of making full use of the time. The whole process of WE analysis is based on the combination of techniques and techniques. This is the first time to parse the line. In this paper, we use the necessary information to calculate the number of people who are in need of help. In general, there is a problem in the application of the system, and there is a problem in the WE system. The results of the analysis are correct. Secondary, non-linear resolution of the line. Please tell me that it is necessary to tell you that you have to, and that you can use it. In this paper, the minimum speed is used to analyze the data, combined with the speed fixed number to calculate the accuracy, and the accuracy is consistent. The upper part of the joint between the two parts of the joint is calculated and calculated. In the upper part of the joint, the upper part, the lower part, the upper part, the upper part, the lower part, the lower part, the upper part, the upper part, the lower part, the lower part, The static interaction between the two parts of the earth, the shape, the shape,

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Oriented Adsorption and Immobilization of Redox Enzymes for Electrochemical Communication with Electrodes

氧化还原酶的定向吸附和固定化与电极的电化学通讯

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
Encyclopedia of Interfacial Chemistry - Surface Science and Electrochemistry
影响因子：
0
作者：
Yu Sugimoto;Keisei So;Hong-qi Xia;Kenji Kano
通讯作者：
Kenji Kano

Reactivation of standard [NiFe]-hydrogenase and bioelectrochemical catalysis of proton reduction and hydrogen oxidation in a mediated-electron-transfer system

标准[NiFe]-氢化酶的重新激活以及介导电子转移系统中质子还原和氢氧化的生物电化学催化

DOI：
10.1016/j.bioelechem.2018.05.003
发表时间：
2018
期刊：
Bioelectrochemistry
影响因子：
5
作者：
S. Shiraiwa;K. So;Y. Sugimoto;Y. Kitazumi;O. Shirai;K. Nishikawa;Y. Higuchi;K. Kano
通讯作者：
K. Kano

タンパク質-タンパク質結合の粗視化MDシミュレーション：barnaseとbarstarを例として

蛋白质-蛋白质结合的粗粒度 MD 模拟：以 Barnase 和 barstar 为例