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シロイヌナズナ生態型間差を活用したアルミニウム耐性機構の分子レベルでの解明

利用拟南芥生态型之间的差异在分子水平上阐明铝耐受机制

基本信息

批准号：
08J07653
负责人：
小林佑理子
金额：
$ 1.54万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

シロイヌナズナ生態型間差の利用とゲノム科学的アプローチによる耐性バリエーション生成要因の同定は、基本分子機構の解明に加えて実用植物での耐性遺伝子の分子マーカーへの応用面でも重要性が高い。1)AtALMT1発現調節シス配列およびプロモーター活性強弱配列の解析段階的に削除したAtALMT1プロモーター配列とリポーター遺伝子GUSを融合導入した組換え体を作成し、プロモーター活性領域の推定を行った。加えて、マイクロアレイ解析からAl応答遺伝子やSTOP1転写因子調節遺伝子に特異的に高確率で存在する共通プロモーター推定領域から、AtALMT1発現調節シス配列を同定した。また、AtALMT1プロモーター配列領域のシロイヌナズナ生態型における多型解析情報とプロモーター先の解析から、プロモーター活性の強弱配列領域を推定した。2)AtALMT1転写調節因子STOP1の多型解析230種の生態型のSTOP1のシーケンス解析を行い、DNA多型と耐性レベルとの関連性を調べた。遺伝子内連鎖不平衡解析を行ったところ、遺伝子全体に渡る連鎖不平衡が観察され、Al耐性に関連する2つのハプロタイプが確認された。それらの耐性多型を組み換えた形質転換体はA1耐性を示した。しかし耐性差からSTOP1多型のシロイヌナズナA1耐性バリエーションへの貢献度は小さいことがわかった。3)ゲノムワイドアソシエーション解析100～200系統の表現型データセットを用いて酸性土壌耐性に関するゲノムワイド関連解析を行った。その結果、いくつかの耐性関連SNPsが推定された。それらのSNPsは、新規遺伝子座やこれまでのQTLやエピスタシス領域、A1耐性遺伝子近傍、STOP1下流因子、マイクロアレイ解析から推定されたAl耐性候補遺伝子近傍に存在した。

Utilization of differences between ecotypes of シロイヌナズナ Scientific アプローチによる tolerance バリエーション generation factor determination It is of high importance to understand the basic molecular structure and to use the plant to endure the molecular structure of the molecule. 1) AtALMT1 is now in the analysis stage of adjusting the active strength and weak alignment of AtALMT1. The モーポーターターター子GUSをfusion import したassemble the bodyをcreatedし, the プロモーターactive area のESTIMATION を行った. Add えて, マイクロアレイ analysis からAl 応輝子やSTOP1転WRITING factor adjusts 伝子にspecific に高The accuracy of the existence of the shared domain is the estimated field, and the AtALMT1 current adjustment is the same as the alignment.また、AtALMT1プロモーターarrangement field のシロイヌナズナecological type におけるmulti-type solution Analyze the information, analyze the information first, and estimate the strength and weakness of the active area. 2) AtALMT1 rewrite regulator STOP1 polytype analysis 230 kinds of ecological type STOP1 analysis を row い, DNA polytype resistance レベルとの correlation を tune べた. Linkage disequilibrium analysis within the remaining vines, linkage disequilibrium analysis of all remaining vines, and Al resistance linkage 2 confirmation.それらのresistant multi-type を group みえた morphological change body は A1 resistance を show した.しかし Poor resistance からSTOP1 multi-type のシロイヌナズナA1 resistance バリエーションへのcontribution は小さいことがわかった. 3) ゲノムワイドアソシエーション Analysis of 100~200 system's manifestation patternタセットを Used いてAcidic soil resistance に关するゲノムワイド Related analysis を行った. The results and the prediction of tolerance-related SNPs are the same.それらのSNPsは, new rule legacy legacy やこれまでのQTL やエピスタシス field, A1 endurance legacy legacy near , STOP1 downstream factor, analysis of マイクロアレイ and estimation of the existence of Al resistance candidate.