权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

タンパク質-リガンド相互作用機構の包括的解析を目的とした情報科学的研究

旨在综合分析蛋白质-配体相互作用机制的信息科学研究

基本信息

批准号：
08J54073
负责人：
笠原浩太
金额：
$ 0.38万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08J54073/
关键词：
タンパク質創薬データマイニング分子間相互作用

项目摘要

タンパク質立体構造データベースから、タンパク質と低分子化合物の結合について、原子レベルでの相互作用に関する情報を抽出し、抽出された情報を利用することで未知のタンパク質と低分子化合物の対についてその結合性を予測する手法を開発した。タンパク質と低分子化合物の原子レベルでの相互作用については、これまで化学者の直感に基づいて理解されることが多く、統一的、かつ明示的に計算機により利用可能な情報として定義され、情報科学的手法により扱われる事は少なかった。本研究ではタンパク質と低分子化合物をそれぞれ原子三つ単位の小さな断片として捉え、断片同士の相対的な位置関係を原子レベルでの相互作用と定義した。この定義に従い、既存のタンパク質立体構造データベースから既知の相互作用情報を抽出し、新たに相互作用データベースとして再編成を行った。さらに、未知のタンパク質、低分子化合物について、集められた様々な相互作用情報と同じ相互作用が起こる事を仮定していき、それらの相互作用の仮定からつじつまの合うものを選ぶことで、既知のデータから未知の相互作用を予測する手法を開発した。立体構造データが豊富に存在するタンパク質-ヌクレオチド複合体について検証計算を行った結果、十分な精度で相互作用の予測が可能である事が示された。これより、本予測手法の有用性が示されたとともに、原子レベルでの相互作用を表現するための情報として本研究により設計された三原子同士の相対配置情報が有用であることが示された。

The combination of low molecular weight compounds (LMCs), the interaction between atoms and atoms, the extraction of low molecular weight compounds (LMCs), and the extraction of low molecular compounds (LMCs) were studied by means of the combination of low molecular weight compounds (LMCs) and atomic interaction compounds (LMCs). The extraction method is based on the combination of low molecular weight compounds (LMCs) in the presence of unknown compounds. In this paper, low molecular weight compounds (LMCs) are used to analyze the interaction between atoms and chemists. chemists are aware that they understand that computer computers are multi-dimensional, unified, and express in terms of information, using possible emotional and scientific methods to help people understand how to do things. In this study, we studied the position of low molecular compounds, atoms, atoms and interactions. In this paper, we define the concept of interaction, and then edit it into a row after the existing interaction is defined, the existing interaction is created and the interaction is extracted. LMCs, LMCs, LMCs, The results of the calculation of the results of the complex system, the results of the calculation of the results of the calculation, and the results of the interaction between the results of the calculation, the results of the The usefulness of the device, the usefulness of the device, and the interaction of the atom, the triatomic, the three-atom, the three-atom.