Structural Interactome Studies from Computational and Bioinformatics Approaches

计算和生物信息学方法的结构相互作用组研究

• 批准号: 20370061
• 负责人: NAKAMURA Haruki
• 金额: $ 12.9万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20370061/
• 关键词: 生物物理; 蛋白質の構造・機能予測; 生体分子; プロテオーム; 分子動力学; バイオインフォマティクス; データベース; 蛋白質間相互作用

For structural interactome study, which investigates the protein-protein interaction network based on their tertiary structures, we have constructed several different kinds of databases and made informatics analyses by identifying and predicting the interfaces, so that complex structural models have been predicted. In addition, for the intrinsically denatured proteins, we have successfully reproduced and analyzed their coupled folding and binding procedures as the stable states in the free energy landscapes from computational studies.

对于基于三级结构研究蛋白质-蛋白质相互作用网络的结构相互作用组研究，我们构建了多种不同类型的数据库，并通过识别和预测界面进行信息学分析，从而预测了复杂的结构模型。此外，对于本质变性的蛋白质，我们通过计算研究成功地再现并分析了它们的耦合折叠和结合过程作为自由能景观中的稳定状态。

项目成果

Density functional study of roles of porphyrin ring in electronic structures of heme.

卟啉环在血红素电子结构中作用的密度泛函研究。

• 发表时间: 2009
• 期刊: International Journal of Quantum Chemistry 109
• 作者: Y.Takano;H.Nakamura
• 通讯作者: H.Nakamura

QM/MM分子動力学シミュレーションによる脂肪酸合成に関わるアシルキャリアー蛋白質のホスフォパンテティン化酵素反応の研究

QM/MM分子动力学模拟研究参与脂肪酸合成的酰基载体蛋白的磷酸酯酶反应

• 发表时间: 2010
• 作者: Helfand;B.T.;Mendez;M.G.;Murthy;S.N.;Shumaker;D.K.;Grin;B.;Mahammad;S.;Aebi;U.;Wedig;T.;Wu;Y.I.;Hahn;K.M.;Inagaki;M.;Herrmann;H. Goldman;R.D;安永卓生(共著);中村春木
• 通讯作者: 中村春木

光合成反応中心スペシャルペアの電子構造の蛋白質依存性

光合反应中心特殊对电子结构的蛋白质依赖性

• 发表时间: 2010
• 作者: Kimura T;Sakai M;Tabu K;Wang L;Tsunematsu R;Tsuda M;Sawa H;Nagashima K;Nishihara H;Hatakeyama S;Nakayama K;Ladanyi M;Tanaka S;Nakayama KI;中村春木
• 通讯作者: 中村春木

surFit : A Docking server of protein molecular surfaces

surFit：蛋白质分子表面对接服务器

• 发表时间: 2009
• 作者: Yoshimura A;Seki M;Kanamori M;Takeishi S;Tsurimoto T;Tada S;Enomoto T.;Haruki Nakamura
• 通讯作者: Haruki Nakamura

蛋白質構造データバンク事業と国際的な展開

蛋白质结构数据库业务和国际扩张

• 发表时间: 2009
• 作者: 土谷佳弘;浅野知一郎;中山啓子;加藤友久;Michael Karin;鎌田英明;中村春木
• 通讯作者: 中村春木