Database Development and Functional Analysis of Protein Disorder Regions

蛋白质无序区域的数据库开发和功能分析

• 批准号: 20500269
• 负责人: SHIMIZU Kentaro
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20500269/
• 关键词: プロテオーム; 生体生命情報学; タンパク質; 不規則領域; 蛋白質; 構造予測; 構造評価; 構造精密化; ブロテオーム

We developed a new method for defining the degree of disorder of protein structures. The results of this analysis were stored in our protein disorder database. We also analyzed the relation between the disorder regions and functional sites of proteins.

我们开发了一种新的方法来定义蛋白质结构的无序程度。分析结果存储在我们的蛋白质紊乱数据库中。我们还分析了蛋白质紊乱区与功能位点之间的关系。

项目成果

A generalized conformational energy function of DNA derived from molecular dynamics simulations.

• DOI: 10.1093/nar/gkp718
• 发表时间: 2009-11
• 期刊: Nucleic acids research
• 影响因子: 14.9
• 作者: Yamasaki S;Terada T;Shimizu K;Kono H;Sarai A
• 通讯作者: Sarai A

分子動力学シミュレーションによるWWドメインのフォールディング機構の解析

利用分子动力学模拟分析WW域的折叠机制

• 发表时间: 2008
• 作者: Yukiko Himeno;Chae Young Cha;Takao Shimayoshi;Akinori Noma;Nobuya Inagaki;Akira Amano;広瀬修;清水謙多郎;西村麻彦,西謙一郎,寺田透,清水謙多郎
• 通讯作者: 西村麻彦,西謙一郎,寺田透,清水謙多郎

計算的手法を用いた酵素設計:部位特異的変異によるパラ水酸化安息香酸水酸化酵素の基質特異性の改変

使用计算方法进行酶设计：通过定点诱变改变对羟基苯甲酸羟化酶的底物特异性

• 发表时间: 2009
• 作者: Mizuki Morita;Shugo Nakamura;Kentaro Shimizu;W.Dawson;K.Sumikoshi;中村周吾;城野亮太;池澤弘貴;飛田晃介
• 通讯作者: 飛田晃介

all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション

全β蛋白二级结构约束的多规范分子动力学模拟

• 发表时间: 2009
• 作者: Mizuki Morita;Shugo Nakamura;Kentaro Shimizu;W.Dawson;K.Sumikoshi;中村周吾;城野亮太;池澤弘貴;飛田晃介;山崎智;西謙一郎;西村麻彦
• 通讯作者: 西村麻彦

A self-organizing state space approach to infer time-varying causalities between regulatory proteins

一种自组织状态空间方法来推断调节蛋白之间随时间变化的因果关系

• 发表时间: 2009
• 作者: Mizuki Morita;Shugo Nakamura;Kentaro Shimizu;W.Dawson;K.Sumikoshi;中村周吾;城野亮太;池澤弘貴;飛田晃介;山崎智;西謙一郎;西村麻彦;広瀬修
• 通讯作者: 広瀬修