Development of the chemical reaction theory and its application to the enzymaticreaction by the ONIOM molecular dynamics method

化学反应理论的发展及其在ONIOM分子动力学方法酶促反应中的应用

• 批准号: 21550017
• 负责人: MATSUBARA Toshiaki
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Kanagawa University (2011)Hiroshima University (2009-2010)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21550017/
• 关键词: 酵素; 化学反応; 熱運動; 環境の効果; 化学反応理論; 量子化学計算; 分子動力学法; 分子動力学計算; 化学反応速度論

For the purpose of the development of the new chemical reaction theory that takes the effects of the thermal motion into account for the precise evaluation of the reactivity of the enzyme, we analyzed the energy fluctuations of the molecule that considered to be related to the reactivity. As a result, it turned out that the energy fluctuations of a reaction portion of the molecule is amplified by the effect of the thermal motion of the environment if the environment is different even though the number of degree of freedom is the same.

为了发展新的化学反应理论，考虑到热运动的影响，以精确评估酶的反应性，我们分析了被认为与反应性有关的分子的能量波动。其结果是，即使自由度数相同，如果环境不同，则分子的反应部分的能量波动也会因环境的热运动的影响而放大。

项目成果

化学反応の量子化学計算.有機金属錯体から生体高分子まで

化学反应的量子化学计算。从有机金属配合物到生物聚合物。

• 发表时间: 2012
• 作者: 高田知哉;今野勇司;田地川浩人;松原世明
• 通讯作者: 松原世明

ONIOM and ONIOM-Molecular Dynamics Methods: Principles and Applications

ONIOM 和 ONIOM-分子动力学方法：原理与应用

• 发表时间: 2010
• 作者: Dai Akase;Misako Aida;宮本秀範;三枝俊亮;Maihemutijiang Jieli;Tomoki Yoshida;Dai Akase;Tomonori Yamada;Shuichi Sakata;Tomoki Yoshida;相田美砂子;坂宗和明;相田美砂子;宮本秀範;岡本拓也;安藤広司;相田美砂子;松原世明;吉田智喜;正木竜太;Hidenori Miyamoto;Maihemutijiang Jieli;Maihemutijiang Jieli;M. Aida;宮本秀範;松原世明;赤瀬大;坂田修一;Misako AIDA;Masayuki OHISA;M. Aida;相田美砂子;相田美砂子;相田 美砂子;Toshiaki MATSUBARA;大久 真幸;Maihemutij iang JIELI;Masayuki OHISA;相田美砂子;T. Matsubara
• 通讯作者: T. Matsubara

大規模分子の反応性の理論的予測法の開発

大分子反应性理论预测方法的发展

• 发表时间: 2009
• 作者: Y.Kitagawa;K.Yamaguchi;et al.;Naoki Seto;Fumitoshi Kaneko;松原世明;松原世明
• 通讯作者: 松原世明

Dynamical Behavior of the H_2 Molecule of the PtH(H_2)[P(t-Bu)_3]_2+ Complex. A Theory of Chemical Reactivity

PtH(H_2)[P(t-Bu)_3]_2 配合物的 H_2 分子的动力学行为。

• 发表时间: 2009
• 期刊: J.Phys.Chem.A 113
• 作者: T.Nakano;H.Yabuguchi;K.Fuke;H.Ishikawa;T.Matsubara
• 通讯作者: T.Matsubara

ONIOM法によるウィルキンソン錯体触媒のオレフィン水素化反応における配位子の置換基効果に関する理論研究、

采用 ONIOM 方法对威尔金森配合物催化剂烯烃加氢反应中配体取代基效应进行理论研究。

• 发表时间: 2011
• 作者: 松原世明;高橋亮平
• 通讯作者: 高橋亮平