Structural analysis of the transient state of an enzyme active site using NMR relaxation dispersion

使用 NMR 弛豫色散对酶活性位点的瞬态进行结构分析

• 批准号: 21570170
• 负责人: IKEGAMI Takahisa
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21570170/
• 关键词: 核磁気共鳴; NMR; 遷移状態; induced-fit; 構造解析; CPMG; 緩和分散; 残余双極子相互作用

An enzyme chitinase was aligned along the static magnetic field using Pf1-phage or acrylamide gel as an alignment medium. In this state residual dipolar coupling was observed, confirming that the system was effective for the analysis. To further apply the relaxation dispersion method to the alignment system, a complex system which was well known to be in a conformational exchange was used. Upon changing the stoichiometry in the complex, it was observed that the residual dipolar coupling also changed accordingly.

利用Pf1噬菌体或丙烯酰胺凝胶作为定向介质，将几丁质酶沿静磁场定向沿着。在这种状态下，观察到残留偶极耦合，证实该系统对分析有效。为了进一步将弛豫分散法应用于配向系统，使用了众所周知的处于构象交换的复杂系统。在改变络合物中的化学计量时，观察到残余偶极偶联也相应地改变。

项目成果

Structure and functional characterization of Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin (TDH)

副溶血弧菌耐热直接溶血素 (TDH) 的结构和功能表征

• 发表时间: 2010
• 期刊: J.Biol.Chem.
• 作者: Yanagihara;et al
• 通讯作者: et al

Immunogenicity of Whole-Parasite Vaccines against Plasmodium falciparum Involves Malarial Hemozoin and Host TLR9

• DOI: 10.1016/j.chom.2009.12.003
• 发表时间: 2010-01-21
• 期刊: CELL HOST & MICROBE
• 影响因子: 30.3
• 作者: Coban, Cevayir;Igari, Yoshikatsu;Akira, Shizuo
• 通讯作者: Akira, Shizuo

A robust approach to calculate entropy change based on density functional theory in the energy representation

基于能量表示中的密度泛函理论计算熵变的鲁棒方法

• 发表时间: 2009
• 期刊: The Journal of Chemical Physics
• 作者: Yokogawa;D. and Ikegami;T.
• 通讯作者: T.

分光測定入門シリーズ第8巻 核磁気共鳴分光法 タンパク質のNMR

光谱测定系列简介第 8 卷核磁共振波谱学蛋白质 NMR

• 发表时间: 2009
• 作者: Ikebe J;Standley DM;Nakamura H;Higo J;池上貴久
• 通讯作者: 池上貴久

ダイナミクスを利用したさまざまなNMR相互作用解析法の紹介

介绍使用动力学进行的各种 NMR 相互作用分析方法

• 发表时间: 2012
• 作者: 山本(日野)美紀;粟野若枝;芝野孝子;岡野栄之;後藤聡;池上貴久
• 通讯作者: 池上貴久