Relations between characteristic features of biological dynamic pathway models and gene polymorphisms or gene functions

生物动态途径模型的特征与基因多态性或基因功能之间的关系

• 批准号: 21310132
• 负责人: HISHIKI Teruyoshi
• 金额: $ 8.24万
• 依托单位: Toho University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21310132/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 生体内パスウェイ解析; シミュレーション; 多型; パスウェイ; CSML; グラフ探索; SNP; ASTD; ペトリネット; パスウェイシミュレーション; Consumer Health Informatics

We developed two types of Web-based systems to be used for visual identification of functionally important genes in terms of possible relationship between genetic polymorphism and diseases or environments. One system is for visual search of genes that might have been selected by the environment, and the information used is geographical distribution of a set of patterns in genetic polymorphism of a gene. The other system makes a list of all the diseases from Web pages searched by a gene name, and ranks the diseases with the frequency and the specificity.On the other hand, we prepared a framework to explore the relations between characteristic features of dynamic biological pathway models and the gene polymorphism or gene functions. First, we developed a set of data analysis methods and a system to check the fitness of Cell System Mark-up Language(CSML)-formatted biological pathway models to a given data set. Then, we tested the system to refine a set of biological dynamic pathways dedicated to a biological function ; we defined conditions on the models as qualitative rules, e. g. up-or down-regulation of some genes caused by genetic polymorphism, and made interactive simulation of the behavior of the pathways.

我们开发了两种基于web的系统，用于视觉识别基因多态性与疾病或环境之间可能存在的关系的功能重要基因。一种系统是用于对可能由环境选择的基因进行视觉搜索，所使用的信息是基因遗传多态性的一组模式的地理分布。另一种系统根据基因名称从网页上搜索到的所有疾病列表，并根据频率和特异性对疾病进行排名。另一方面，我们准备了一个框架来探索动态生物途径模型的特征特征与基因多态性或基因功能之间的关系。首先，我们开发了一套数据分析方法和一个系统来检查细胞系统标记语言（CSML）格式的生物途径模型对给定数据集的适应性。然后，我们对该系统进行了测试，以完善一套致力于生物功能的生物动态途径；我们将模型上的条件定义为定性规则，如由遗传多态性引起的某些基因的上调或下调，并对这些途径的行为进行交互模拟。

项目成果

Navigation from Complaints to Medical Vocabulary using Google and DiseaseNavi, a Browser Add-on to Highlight All the Diseases in a Web Page

使用Google和DiseaseNavi从投诉导航到医学词汇，DiseaseNavi是一个浏览器插件，可突出显示网页中的所有疾病

• 发表时间: 2010
• 期刊: AMIA Annu Symp Proc.
• 作者: Hishiki T;et al.
• 通讯作者: et al.

Systems biology model repository for macrophage pathway simulation

用于巨噬细胞通路模拟的系统生物学模型库

• 发表时间: 2011
• 期刊: Bioinformatics
• 影响因子: 5.8
• 作者: Nagasaki M;Saito A;Fujita A;Tremmel G;Ueno K;Ikeda E;Jeong E;Miyano S
• 通讯作者: Miyano S

Parameter Estimation of Biological Pathways Using Data Assimilation and Model Checking

使用数据同化和模型检查的生物途径参数估计

• 发表时间: 2011
• 作者: Chen Li;Keisuke Kuroyanagi;Masao Nagasaki and Satoru Miyano
• 通讯作者: Masao Nagasaki and Satoru Miyano

みんなの医学と「患者さん向けパンフレットデータベース～乳がん編～」の制作

大家医药及《患者资料库小册子-乳腺癌版》制作

• 发表时间: 2010
• 作者: T. Umezawa;N. Sugiyama;M. Mizoguchi;S. Hayashi;F. Myouga;K. Yamaguchi-Shinozaki;Y. Ishihama;T. Hirayama;and K. Shinozaki;日紫喜光良
• 通讯作者: 日紫喜光良

Online model checking approach based parameter estimation to a neuronal fate decision simulation model in C. elegans with hybrid functional Petri net with extension

基于参数估计的在线模型检查方法，具有可扩展的混合功能 Petri 网，对秀丽隐杆线虫神经元命运决策模拟模型进行参数估计

• 发表时间: 2010
• 期刊: Mol. Biosyst.
• 作者: Li C;Nagasaki M;Hock Koh C;Miyano S
• 通讯作者: Miyano S