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Construction of genome information resources for cereal breeding based on comparative "genome-link"

基于比较“基因组链接”的谷物育种基因组信息资源构建

基本信息

批准号：
21780011
负责人：
MOCHIDA Keiichi
金额：
$ 2.25万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

In this study, we analyzed regulatory networks of cereal transcriptomes and performed integration of related databases to establish genomic knowledge infrastructure for gene discovery and those application to crop improvement. In particular, we carried out co-expression analysis of barley transcriptome to gain comprehensive landscape of a barley transcriptome, which was to develop a knowledge infrastructure for gene discovery in Triticeae crops (Mochida et al .2011). Furthermore, we developed a database on transcription factors found in 6 Poaceae species based on the comparative genome informatics infrastructure, which should be beneficial database to elucidate regulatory networks and those comparison among Poaceae cereals (Mochida et al. accepted after minor revision).

在这项研究中，我们分析了谷物转录本的调控网络，并对相关数据库进行了整合，以建立基因发现和应用于作物改良的基因组知识基础。特别是，我们开展了大麦转录组的共表达分析，以获得大麦转录组的全面图谱，这是为了开发用于小麦类作物基因发现的知识基础(Mochida等人，2011年)。此外，我们在比较基因组信息学基础设施的基础上开发了一个在6个禾本科植物中发现的转录因子的数据库，该数据库将有助于阐明禾本科谷类植物之间的调控网络和比较(Mochida et al.在微小修改后接受)。