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全ゲノム配列に基づいた系統樹の作成ツールの開発

基于全基因组序列的系统发育树创建工具的开发

基本信息

批准号：
21657061
负责人：
田中歩
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2010
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21657061/
关键词：
クロロフィル代謝酵素常緑細胞死

项目摘要

分子系統学的解析は、系統樹作成のための欠くことのできないツールである。従来は、特定の遺伝子の系統樹を作成することで、生物の系統関係を推測してきた。しかし、広い範囲の生物を対象とすると、オルソログの数が減少し、全生物の場合、31遺伝子しかなく、しかも30遺伝子が翻訳に関係するものであった。このように偏った、しかも少ない遺伝子数で信頼できる系統樹を描くことはできない。近年、全ゲノム配列が解読された生物種が増えるに従って、これを利用したツールが開発された。本研究の目的は、全ゲノム配列に基づいた系統樹の自動作成ツールを開発し、これを用いて、(1)全生物の系統樹「Tree of life」を作成し、(2)このツールの理論化に向けた研究を行うことである。本年度は、作成された系統樹を解析することで作成された系統樹が何を意味するかを調べた。特に、大腸菌と赤痢などを引き起こすシゲラ属(Shigella)との関係を調べた。大腸菌とシゲラは系統的には近いことが知られ、さらに詳しい系統解析の結果では、シゲラはまとまったグループを作らず、大腸菌から独立に複数回出現したと考えられている。しかし、我々の系統樹では、大腸菌とシゲラはそれぞれ、まとまったクラスターを作った。大腸菌とシゲラは、様々な感性症を引き起こすことで共通している。このような共通した性質を持つグループが、系統的には別でも、一つのまとまったクラスターを作ることは、我々の系統樹が真の意味で系統樹ではないことを示唆している。すなわち、「Similarity tree」を示していると考えられる。これは、進化的な系統樹を示すのではなく、生物がどれだけ似ているかを示すTreeと考えられる。これは、生物を表現する新しい手法と考えられる。

Analysis of molecular systematics and preparation of phylogenetic trees.従来は、Specific phylogenetic tree することで、Biology のsystem relationship をSpeculation してきた.しかし, 広いfan囲のcreature を対Elephant とすると, オルソログのnumber がdecreaseし, all creatures のOccasion, 31缝子しかなく, しかも30缝子がturned訳にrelationsするものであった.このように partial った, しかも小ない伝子number で信格できるphylogenetic tree をdrawing くことはできない. In recent years, all kinds of biological species have been released, such as the biological species, the biological species, and the use of したツールが开発さた. The purpose of this study is to automatically create a phylogenetic tree based on the whole arrangement of the phylogenetic tree, and to use the phylogenetic tree of all living things "Tree of life" is made, (2) theorizing and researching are carried out. This year's は, された phylogenetic tree を analysis することでされた phylogenetic tree がを meaning するかを tune べた. Special に, coliform とred dysentery などをinduced きこすシゲラ (Shigella) and とのrelations をadjusted べた. The result of system analysis of coliform とシゲラは near いことがknow られ, さらに detail しい system analysis では, シゲラはまとまったグループを作らず, coliform independent に appeared multiple times したと卡えられている.しかし, 々のphylogenetic tree では, coliform とシゲラはそれぞれ, まとまったクラスターを为った. Coliform bacteria, 様々なsensual syndrome, をinduced きこすことで公している.このような common nature をhold つグループが, system には比でも, 一つのまとまったクラスターを作ることは、我々のSYSTEM が真のmeaning SYSTEM tree ではないことをshows instigation している.すなわち、「Similarity tree」をshows していると考えられる.これは, evolutionary phylogenetic tree をshow すのではなく, biological がどれだけsimilar ているかをshow すTree とtest えられる.これは, creature をexpression する新しいtechnique とtest えられる.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

シロイヌナズナの種子形成におけるクロロフィルb還元酵素の機能解析

叶绿素b还原酶在拟南芥种子形成中的功能分析

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nagata N.;Tanaka R. and Tanaka A.;Ryouichi Tanaka;Ryouichi Tanaka;田中亮一;伊藤寿,田中亮一,田中歩;中島沙織,伊藤寿,田中亮一,田中歩
通讯作者：
中島沙織,伊藤寿,田中亮一,田中歩

Deregulated chlorophyll b synthesis reduces the energy transfer rate between photosynthetic pigments and induces photodamage in Arabido sis thaliana.

叶绿素 b 合成失调会降低拟南芥光合色素之间的能量转移率并诱导光损伤。