MARcode : a prediction program for nuclear matrix attachment regions

MARcode：核基质附着区域的预测程序

• 批准号: 21710197
• 负责人: MIYAJI Mari
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21710197/
• 关键词: 核内構造; 神経細胞; 核構造; 繰返し配列; 核内高次構造; DM結合タンパク質; RNA結合タンパク質

We focused on SP120, one of the nuclear matrix-associated proteins to develop MARcode, a prediction program for matrix attachment regions (MAR). It is suggested that SP120 is involved in the neuronal differentiation through its binding to DNA topoisomerase (topo) IIβ. We showed that SP120 specifically bound to AT-rich topoIIβ action sites. We performed a domain analysis for MAR-binding activity of SP120 and found that RG-domain had the activity. We showed the evidence that SP120 directly bound to AT patches (short stretches of consecutive A and T bases). We performed a genome-wide analysis to identify in vivo SP120 binding sites. We will further analyze the identified regions to develop the MARcode program.

我们以核基质相关蛋白SP120为研究对象，开发了一个预测基质附着区(MAR)的程序--MARcode。提示SP120可能通过与拓扑异构酶IIβ结合而参与神经元分化。我们发现SP120能与富含AT的TopoIIβ作用位点特异性结合。我们对SP120的MAR结合活性进行了结构域分析，发现RG-结构域具有该活性。我们展示了SP120直接与AT斑块(连续A和T碱基的短延伸)结合的证据。我们进行了全基因组分析，以确定体内SP120结合位点。我们将进一步分析确定的地区，以开发MARCode计划。

项目成果

DNAトポイソメラーゼIIβによる神経関連遺伝子の発現制御

DNA拓扑异构酶IIβ对神经相关基因表达的调控

• 发表时间: 2009
• 期刊: 蛋白質核酸酵素 第54巻
• 作者: 筒井研;筒井公子;宮地まり;佐野訓明
• 通讯作者: 佐野訓明

DNAトポイソメラーゼIIβの遠位通過部位マッピング法(eTIP-HiC)の開発

DNA 拓扑异构酶 IIβ 远端转运位点定位方法 (eTIP-HiC) 的开发

• 发表时间: 2010
• 作者: 筒井公子;佐野訓明;細谷修;宮本直;筒井研;大西康博;宮地まり;古田良平;小野田彰久;宮地まり;小野田彰久;古田良平
• 通讯作者: 古田良平

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主页等

核マトリックスタンパク質SP120/SAF-A/hnRNP UのDNA認識機構

核基质蛋白SP120/SAF-A/hnRNP U的DNA识别机制

• 发表时间: 2009
• 作者: 宮地まり;河野真二;古田良平;筒井公子;筒井研;Horike S.;宮地まり
• 通讯作者: 宮地まり

トポイソメラーゼIIβとSP120/hnRNP U/SAF-Aの複合体形成機構

拓扑异构酶IIβ与SP120/hnRNP U/SAF-A复合物形成机制

• 发表时间: 2009
• 作者: 宮地まり;河野真二;古田良平;筒井公子;筒井研;Horike S.;宮地まり;堀家慎一;宮地まり;堀家牧子;河野真二
• 通讯作者: 河野真二