Development of NMR measurement and analysis method for protein structural study in 2H2O solution.

开发 2H2O 溶液中蛋白质结构研究的 NMR 测量和分析方法。

• 批准号: 22570109
• 负责人: OGURA Kenji
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22570109/
• 关键词: NMR; タンパク質; 立体構造解析

We developed an NMR pulse sequence, 3D HCA(N)CO, to correlate the chemical shifts of protein backbone 1H and 13C to those of 13C' in the preceding residue. When combined with HCACO, HCAN and HCA(CO)N, the HCA(N)CO sequence allows the sequential assignment using backbone 13C' and amide 15N chemical shifts without resort to backbone amide protons. This assignment strategy was demonstrated for 13C/15N-labeled GB1 dissolved in 2H2O. The quality of the GB1 structure determined in 2H2O was similar to that determined in H2O in spite of significantly smaller number of NOE correlations. Thus this strategy enables the determination of protein structures in 2H2O or H2O at high pH values.

我们开发了一种NMR脉冲序列，3D HCA（N）CO，将蛋白质骨架1H和13 C的化学位移与前一个残基中13 C '的化学位移相关联。当与HCACO、HCAN和HCA（CO）N组合时，HCA（N）CO序列允许使用主链13 C '和酰胺15 N化学位移进行顺序分配，而不需要求助于主链酰胺质子。这种分配策略被证明为13 C/15 N-标记的GB 1溶解在2 H2O。在2 H2O中测定的GB 1结构的质量与在H2O中测定的相似，尽管NOE相关性的数量显著较少。因此，这种策略能够在2 H2O或H2O中在高pH值下测定蛋白质结构。

项目成果

Structure and dynamics of yeast calmodulin

酵母钙调蛋白的结构和动力学

• 发表时间: 2012
• 作者: Ogura K;Okamura H;Kumeta H;Yazawa M;Inagaki F
• 通讯作者: Inagaki F

Pseudo Contact Shiftが生み出す構造情報とその取り扱い

伪接触位移生成的结构信息及其处理

• 发表时间: 2012
• 作者: Ogura K;Okamura H;Kumeta H;Yazawa M;Inagaki F;小椋賢治
• 通讯作者: 小椋賢治

出芽酵母カルモジュリンの立体構造とダイナミクス

酿酒酵母钙调蛋白的三维结构和动力学

• 发表时间: 2013
• 作者: Kumeta H;Watanabe M;Nakatogawa H;Yamaguchi M;Ogura K;Adachi W;Fujioka Y;Noda NN;Ohsumi Y;Inagaki F;小椋賢治,岡村英保,久米田博之,矢澤道生,稲垣冬彦
• 通讯作者: 小椋賢治,岡村英保,久米田博之,矢澤道生,稲垣冬彦

NMR structure note: a defective isoform and its activity-improved variant of a type III antifreeze protein from Zoarces elongates Kner

• DOI: 10.1007/s10858-012-9703-9
• 发表时间: 2013-02-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR
• 影响因子: 2.7
• 作者: Kumeta, Hiroyuki;Ogura, Kenji;Tsuda, Sakae
• 通讯作者: Tsuda, Sakae

常磁性NMR法の創薬への応用

顺磁核磁共振方法在药物发现中的应用

• 发表时间: 2013
• 作者: Kumeta H;Watanabe M;Nakatogawa H;Yamaguchi M;Ogura K;Adachi W;Fujioka Y;Noda NN;Ohsumi Y;Inagaki F;小椋賢治,岡村英保,久米田博之,矢澤道生,稲垣冬彦;小椋賢治
• 通讯作者: 小椋賢治