Development of a new docking method using the hypothetical hydratedligand which take account of bridging water molecules

使用考虑桥接水分子的假设水合配体开发新的对接方法

• 批准号: 22590042
• 负责人: YAMAOTSU Noriyuki
• 金额: $ 2.25万
• 依托单位: Kitasato University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22590042/
• 关键词: ドッキング; リガンド; 結晶水; 酵素; 蛋白質; 水素結合; 相互作用; 複合体

In protein-ligand docking methods, the interaction of the target protein with the ligand molecule through water is rarely considered. In the formation of protein-ligand complex, however, there are some cases that water molecules play a significant role in stabilizing the protein-ligand interactions by hydrogen-bond bridging between the protein and the ligand. In this study, we devise the easy-to-use docking approach using the hypothetical hydrated ligand which take account of water molecules involving in recognition of the ligand by the protein and stabilizing the protein -ligand interactions.

在蛋白质-配体对接方法中，很少考虑靶蛋白与配体分子通过水的相互作用。然而，在蛋白质-配体复合物的形成中，存在水分子通过蛋白质和配体之间的氢键桥接在稳定蛋白质-配体相互作用中起重要作用的情况。在这项研究中，我们使用假设的水合配体设计了易于使用的对接方法，该方法考虑到水分子参与蛋白质对配体的识别并稳定蛋白质-配体相互作用。

项目成果

Identification of the three-dimensional pharmacophore of κ-opioid receptor agonists

κ-阿片受体激动剂三维药效团的鉴定

• 发表时间: 2010
• 期刊: Bioorganic & Medicinal Chemistry
• 影响因子: 3.5
• 作者: K.Ohara;R.Mitsumori;他4名;西村太一;鶴田修,横山英志,藤井敏;Noriyuki Yamaotsu
• 通讯作者: Noriyuki Yamaotsu

タンパク質と相互作用する分子フラグメントを同定するプログラムの開発

开发识别与蛋白质相互作用的分子片段的程序

• 发表时间: 2011
• 作者: 山下幸和;近藤恵美;白取未希;小松祥子;加藤創;大野賢一;沼澤光輝;相部真希,堀川美津代,田中正己,西井健,稲井誠,加来裕人,角田鉄人,島津光明;山乙教之
• 通讯作者: 山乙教之

NMR spectroscopy and computational analysis of interaction between Serratia marcescens chitinase B and a dipeptide derived from natural-product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin

粘质沙雷氏菌几丁质酶 B 与天然产物环五肽几丁质酶抑制剂精氨酸衍生的二肽之间相互作用的核磁共振波谱和计算分析

• DOI: 10.1016/j.bmc.2010.06.093
• 发表时间: 2010
• 期刊: Bioorg. Med. Chem
• 作者: Hiroaki Gouda;Toshiaki Sunazuka;Tomoyasu Hirose;Kanami Iguchi;Noriyuki Yamaotsu;Akihiro Sugawara;Yoshihiko Noguchi;Yoshifumi Saito;Tsuyoshi Yamamoto;Takeshi Watanabe;Kazuro Shiomi;Satoshi Omura;Shuichi Hirono
• 通讯作者: Shuichi Hirono

タンパク質と相互作用する分子フラグメント探索法の開発

开发寻找与蛋白质相互作用的分子片段的方法

• 发表时间: 2011
• 作者: 小松祥子;齋藤彩夏;榊 克教;山下幸和;沼澤光輝;山乙教之
• 通讯作者: 山乙教之

Topics in Current Chemistry 299

当前化学主题 299

• 发表时间: 2011
• 作者: amaotsu N;Hirono S;(Ed. Nagase H) ;Springer-Verlag
• 通讯作者: Springer-Verlag