Study of Catalytic Mechanism of Hydrogen Activation by Hydrogenase using Neutron Crystal Structure Analysis

中子晶体结构分析研究氢化酶氢活化催化机制

• 批准号: 22657031
• 负责人: HIGUCHI Yoshiki
• 金额: $ 2.19万
• 依托单位: University of Hyogo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22657031/
• 关键词: タンパク質; 中性子結晶解析; 水素代謝; 反応機構; ヒドロゲナーゼ; Ni酵素; プロトン経路

The perfectly deuterated[NiFe] hydrogenase was tried to prepare by inoculating the sulfate-reducing bacterium in the deuterated media in 2010.However, it was not successful to obtain enough amount of the protein sample for crystallization trial. In 2011-2012, the ordinary(not deuterated) hydrogenase was tried to crystallize using deuterated precipitant in deuterated buffer solution. We have succeeded in preparation of a single crystal with a volume of 4 mm^3.This crystal gave a neutron diffraction pattern at 5.0 Aresolution at 100 K using the neutron beam at Japan Atomic Energy Research Institute. In addition, some parameters for diffraction experiment for large single crystals of[NiFe] hydrogenase at cryo-temperature have been found.

2010年尝试通过在氘化培养基中接种硫酸盐还原菌来制备完全氘化的[NiFe]氢化酶。但未能成功获得足够量的蛋白质样品用于结晶试验。 2011-2012年，尝试在氘化缓冲溶液中使用氘化沉淀剂对普通（未氘化）氢化酶进行结晶。我们成功制备了体积为 4 mm^3 的单晶。该晶体使用日本原子能研究所的中子束在 100 K 下给出了分辨率为 5.0 A 的中子衍射图。此外，还找到了[NiFe]氢化酶大单晶低温衍射实验的一些参数。

项目成果

Wntシグナル伝達機構ではたらくCCD1の構造化学的研究

Wnt信号传导机制中CCD1的结构化学研究

• 发表时间: 2010
• 作者: 寺脇慎一;塩見健輔;桝正幸;柴田直樹;樋口芳樹
• 通讯作者: 樋口芳樹

マルチ銅酸化酵素の構造解析

多种铜氧化酶的结构分析

• 发表时间: 2011
• 作者: 小森博文;等
• 通讯作者: 等

Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of the Dissimilatory Sulfite Reductase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F

普通脱硫弧菌 Miyazaki F 异化亚硫酸还原酶的纯化、结晶和初步 X 射线分析

• DOI: 10.1107/s1744309110033191
• 发表时间: 2010
• 期刊: Acta Crystallogr.
• 作者: H. Ogata;Y. Shomura;A.G. Agrawal;A.P. Kaur;W. Gartner;Y. Higuchi and W. Lubitz
• 通讯作者: Y. Higuchi and W. Lubitz

Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of NADH:rubredoxin Oxidoreductase from Clostridium acetobutylicum

丙酮丁醇梭菌 NADH:红氧还蛋白氧化还原酶的结晶和初步 X 射线分析

• DOI: 10.1107/s1744309109047162
• 发表时间: 2010
• 期刊: Acta Crystallogr
• 作者: K. Nishikawa;Y. Shomura;S. Kawasaki;Y. Niimura and Y. Higuchi
• 通讯作者: Y. Niimura and Y. Higuchi

An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions

• DOI: 10.1002/anie.201107739
• 发表时间: 2012-01-01
• 期刊: ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION
• 影响因子: 16.6
• 作者: Komori, Hirofumi;Sugiyama, Ryosuke;Sakurai, Takeshi
• 通讯作者: Sakurai, Takeshi