Database construction for transcriptional regulation in Streptomyces and Synechocystis and these applications

链霉菌和集胞藻转录调控的数据库构建及其应用

• 批准号: 22710199
• 负责人: MAKITA Yuko
• 金额: $ 3.64万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22710199/
• 关键词: リファレンスデータベース; 転写制御; 文献抽出; 比較ゲノム; プロモータ解析; ネットワークモチーフ解析; データベース; Streptomyces; Synochocystis; 放線菌; マニュアルアノテーション; 光合成細菌; Synecocystis

Recent works in bacterial transcriptional network analysis reveal that transcriptional regulations are flexible and evolve rapidly. It is therefore important to construct reference databases on transcriptional regulation of multiple model organisms. I constructed referenced databases in Streptomyces and Synechocystis with manually collected data from nearly 500 literatures. By using the collected data, I performed comparative genome analysis and network motif analysis and suggested specificity of transcriptional networks in species-specific functions, such as antibiotic synthesis of Streptomyces and photosynthesis of Synechocystis.

最近在细菌转录网络分析方面的工作表明，转录调控是灵活的，并且进化迅速。因此，建立多种模式生物转录调控的参考数据库具有重要意义。我人工收集近500篇文献资料，构建链霉菌（Streptomyces）和聚囊藻（Synechocystis）的参考数据库。通过收集到的数据，我进行了比较基因组分析和网络基序分析，并提出了转录网络在物种特异性功能中的特异性，例如链霉菌的抗生素合成和聚胞菌的光合作用。

项目成果

Chapter 10: Bacillus subtilis Transcriptional Network Bacterial Gene Regulation and Transcriptional Networks (M. Madan Babu Edit)

第10章：枯草芽孢杆菌转录网络细菌基因调控和转录网络（M. Madan Babu编辑）

• 作者: Yuko MAKITA;Takahiro ISHII;Tetsuro TOYODA;Kenta NAKAI;Yuko MAKITA;蒔田由布子;蒔田由布子;蒔田由布子;Yuko Makita;Yuko MAKITA and Kenta NAKAI
• 通讯作者: Yuko MAKITA and Kenta NAKAI

放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築とゲノムGC含量と転写因子認識配列の相関

放线菌转录相关数据库(DBSCR)的构建及基因组GC含量与转录因子识别序列的相关性

• 发表时间: 2012
• 作者: Yuko MAKITA;Takahiro ISHII;Tetsuro TOYODA;Kenta NAKAI;Yuko MAKITA;蒔田由布子
• 通讯作者: 蒔田由布子

放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築とゲノムGC 含量と転写因子認識配列の相関

放线菌转录相关数据库(DBSCR)的构建及基因组GC含量与转录因子识别序列的相关性

• 发表时间: 2012
• 作者: 蒔田由布子;石井崇洋;豊田哲郎;中井謙太
• 通讯作者: 中井謙太

放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築と転写モチーフ解析

放线菌转录相关数据库（DBSCR）的构建及转录基序分析

• 发表时间: 2010
• 作者: Yuko MAKITA;Takahiro ISHII;Tetsuro TOYODA;Kenta NAKAI;Yuko MAKITA;蒔田由布子;蒔田由布子;蒔田由布子
• 通讯作者: 蒔田由布子

Bacterial Gene Regulation and Transcriptional Networks

细菌基因调控和转录网络

• 发表时间: 2013
• 作者: Yuko MAKITA;Takahiro ISHII;Tetsuro TOYODA;Kenta NAKAI;Yuko MAKITA;蒔田由布子;蒔田由布子;蒔田由布子;Yuko Makita
• 通讯作者: Yuko Makita