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Novel approach to obtain enzymatic reaction mechanisms on the free energy surface

获得自由能表面酶促反应机制的新方法

基本信息

批准号：
23550021
负责人：
ASADA Toshio
金额：
$ 3.49万
依托单位：
Osaka Prefecture University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

Most of the reactions can be observed in the molecular assembly such as liquid or biological systems. In order to design new functional molecules, the theoretical investigations are necessary to explore hidden inter-molecular interactions. In this research, new theoretical approaches and a computational program have been developed. Reasonable charge polarization of the molecules can be evaluated very quickly compared to the expensive quantum mechanical calculation. Using our techniques, the optimized reaction path in the molecular assemble can be obtained, and the impressive future development of the functional molecular design are provided.

大多数反应都可以在分子组装中观察到，如液体或生物体系。为了设计新的功能分子，有必要进行理论研究来探索隐藏的分子间相互作用。在这项研究中，开发了新的理论方法和计算程序。与昂贵的量子力学计算相比，可以非常快速地评估分子的合理电荷极化。利用我们的技术，可以得到分子组装中的最优反应路径，并为功能分子设计提供了令人印象深刻的未来发展。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Theoretical investigation of inhibitor mechanism in trypsin-BPTI using ab initio QM/MM-MD simulation

使用从头开始 QM/MM-MD 模拟对胰蛋白酶-BPTI 抑制剂机制进行理论研究

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
T.Asada;N.Takenaka;S.Koseki;M.Nagaoka
通讯作者：
M.Nagaoka

Ab initio electron correlation studies of the intracluster reaction NO^+ (H_2O)_n → H_3O^+(H_2O)_<n-2> (HONO) at n=4 and 5

n=4 和 5 时簇内反应 NO^+ (H_2O)_n → H_3O^+(H_2O)_<n-2> (HONO) 的从头电子相关研究

DOI：
10.1039/c0cp01077d
发表时间：
2011
期刊：
Phys.Chem.Chem.Phys
影响因子：
0
作者：
T.Asada;S.Koseki and M.Nagaoka
通讯作者：
S.Koseki and M.Nagaoka

Efficient algorithm to optimize structures and reaction paths on free energy surface using QM/MM MD simulation

使用 QM/MM MD 模拟优化自由能表面结构和反应路径的高效算法

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
S. Yamanaka;K. Kanda;T. Saito;Y. Umena;K. Kawakami;J. -R. Shen;N. Kamiya;M. Okumura;H. Nakamura;K. Yamaguchi;H. Nakano;Toshio Asada
通讯作者：
Toshio Asada

Computational Approach to the Optimization Method of the Reaction Pathway on the Free Energy Surface

自由能面上反应路径优化方法的计算方法

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
T.Asada;K.Sakurai;M.Nagaoka
通讯作者：
M.Nagaoka

QM/MM 法を用いたリチウムイオン電池の電解液分解反応に関する理論的研究

基于QM/MM方法的锂离子电池电解液分解反应理论研究

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
S. Yamanaka;H. Isobe;K. Kanda;T. Saito;Y. Umena;K. Kawakami;J. R. Shen;N. Kamiya;M. Okumura;H. Nakamura;K. Yamaguchi;櫻井耕司，麻田俊雄，小関史朗
通讯作者：
櫻井耕司，麻田俊雄，小関史朗