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Automatic Synthesis of Process Calculus Using Abstraction
使用抽象自动综合过程演算
基本信息
- 批准号：23650066
- 负责人：
- 金额：$ 2.41万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- 财政年份：2011
- 资助国家：日本
- 起止时间：2011 至 2012
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
We developed a method to construct a coarse-grained abstract model of DNA devices in which a graph or a set of graphs that represents DNA structures is approximated by a set of local structures (called abstract nodes). Using the method, we conducted evolutionary search of abstract systems and automatically synthesized DNA devices that implement various circuits and automata. We also applied the abstraction method to simulation of RNAi, and succeeded in simulating complex cases with more than twenty segments, and reproducing distribution of concentrations of siRNA by simulation.
我们开发了一种构建DNA设备的粗粒摘要模型的方法，其中一组代表DNA结构的图形或一组图由一组局部结构（称为抽象节点）近似。使用该方法，我们对抽象系统进行了进化搜索，并自动合成实施各种电路和自动机的DNA设备。我们还将抽象方法应用于模拟RNAi，并成功地模拟了具有20多个片段的复杂病例，并通过模拟繁殖了siRNA浓度的分布。
项目成果
期刊论文数量（0）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Efficiency and Exactness of Simulations by Abstracting Graph Models for DNA and RNA Reaction Systems,
通过抽象 DNA 和 RNA 反应系统的图形模型来提高模拟的效率和准确性，
- DOI：
- 发表时间：2012
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Ibuki Kawamata;Nathanael Aubert;Masahiro Hamano;and Masami Hagiya
- 通讯作者：and Masami Hagiya
Towards Co-evolution of Information, Life and Artificial Life, Natural Computing and Beyond
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- DOI：
- 发表时间：2013
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Pascual Martinez-Gomez;Tadayoshi Hara;Chen Chen;Kyohei Tomita;Yoshinobu Kano and Akiko Aizawa;Toshiharu Sugawara;Toshiharu Sugawara;Masami Hagiy a and Ibuki Kawamata
- 通讯作者：Masami Hagiy a and Ibuki Kawamata
Enforcing Delays in DNA Computing Systems
强制 DNA 计算系统出现延迟
- DOI：
- 发表时间：2012
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Nathanael Aubert;Yannick Rondelez,Teruo Fujii;and Masami Hagiya
- 通讯作者：and Masami Hagiya
Abstraction of Graph-Based Models of Bio-molecular Reaction Systems for Efficient Simulation
- DOI：10.1007/978-3-642-33636-2_12
- 发表时间：2012-10
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：I. Kawamata;Nathanael Aubert;M. Hamano;M. Hagiya
- 通讯作者：I. Kawamata;Nathanael Aubert;M. Hamano;M. Hagiya
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