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RNA-Seq data analysis for ncRNA function prediction to thousands public RNA-Seq data on super computer

在超级计算机上对数千个公共 RNA-Seq 数据进行 RNA-Seq 数据分析，用于 ncRNA 功能预测

基本信息

批准号：
23650150
负责人：
NAGASAKI Masao
金额：
$ 1.16万
依托单位：
Tohoku University (2012)The University of Tokyo (2011)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

High performance sequencer (Hit-Seq) generates massive amounts of short reads. Hit-Seq is used for the analysis of transcriptome expressions. Especially, it is important to detect fusion transcripts and isoforms expression from overlapped region in a chromosome. This research developed a new method to detect isoform expressions from RNA-Seq data. By applying this method on supercomputer environment, more accurate expressions to unkown lincRNAs and mRNAs from thousands RNA-Seq data can be inferred.

高性能测序仪（Hit-Seq）产生大量的短读段。Hit-Seq用于分析转录组表达。特别是，重要的是检测融合转录本和异构体表达的重叠区域中的染色体。本研究开发了一种新的方法来检测异构体表达的RNA-Seq数据。通过在超级计算机环境下应用该方法，可以从数以千计的RNA-Seq数据中推断出未知lincRNA和mRNA的更准确表达。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Data Management and Bioinformatics of Next Generation Sequencing Data on the Massive Parallel Supercomputer

大规模并行超级计算机上下一代测序数据的数据管理和生物信息学

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
小椋透;柳本武美;鎌倉稔成;長﨑正朗;長﨑正朗;小椋透，柳本武美，鎌倉稔成;Toshinari Kamakura and Kosuke Okusa;長﨑正朗;長崎正朗;大倉征幸，鎌倉稔成;Chikara Furusawa and Kunihiko Kaneko;Masao Nagasaki
通讯作者：
Masao Nagasaki

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