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Investigation of intramolecular collision dynamics of RNA

RNA分子内碰撞动力学研究

基本信息

批准号：
23750202
负责人：
UZAWA Takanori
金额：
$ 1.83万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

Formation of three dimensional structures of a protein and an oligonucleotide require stepwise formation of intramolecular interactions, indicating that intramolecular collision is the most essential process of 3D structure formation. Although the intraolecular collision dynamics of unstructured polypeptides have seen extensively studied, those of oligonucleotides are limited. Thus motivated, in this study I aimed to investigate the base-composition, chain-length and temperature dependences of the end-to-end collision rates for both oligonucleotides of DNA and RNA. I measured the intramolecular collision dynamics using lifetime of a luminophore modified at the end of a oligonucleotide whose the other terminal was modified with a quencher. For a DNA over 20 bases in length, conformational change of polyadenine contributes on the end-to-end collision dynamics at lower temperature. At high temperature, however, this contribution disappears and the dynamics of polyadenine corresponds to the dynamics of polythymine. A similar experiment on RNA did not exhibit clear difference of the luminophore lifetimes between with presence of the quencher and absence of the quencher.

蛋白质和寡核苷酸的三维结构的形成需要逐步形成分子内相互作用，这表明分子内碰撞是三维结构形成的最基本过程。虽然非结构化多肽的分子内碰撞动力学已经得到了广泛的研究，寡核苷酸的那些是有限的。因此，在这项研究中，我的目的是调查的碱基组成，链长和温度依赖性的端到端的碰撞率的DNA和RNA的寡核苷酸。我测量的分子内碰撞动力学使用寿命的发光团修饰的寡核苷酸的另一端被修饰的猝灭剂的末端。对于长度超过20个碱基的DNA，聚腺嘌呤的构象变化有助于在较低温度下的端对端碰撞动力学。然而，在高温下，这种贡献消失，聚腺嘌呤的动力学对应于聚胸腺嘧啶的动力学。对RNA的类似实验在存在猝灭剂和不存在猝灭剂之间没有表现出发光团寿命的明显差异。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ルテニウム錯体に結合するRNAアプタマーの選出

与钌配合物结合的RNA适体的选择

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
酒井哉;五十嵐優;中島志帆;佐藤浩二;鯵坂勝美;宮崎達雄;鵜澤尊規
通讯作者：
鵜澤尊規

ルテニウム錯体に結合するRNA アプタマーの選出

与钌配合物结合的RNA适体的选择

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
鵜澤尊規;Thoa TRAN;伊藤嘉浩
通讯作者：
伊藤嘉浩

Electrostatic and Base Stacking Effects Define the End-to-end Collision Dynamics of Single-stranded DNA

静电和碱基堆积效应定义了单链 DNA 的端到端碰撞动力学

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
Biophys.J.
影响因子：
0
作者：
Takanori Uzawa;Takashi Isoshima;Yoshihiro Ito;Koichiro Ishimori;Dmitrii E. Makarov;and Kevin W Plaxco
通讯作者：
and Kevin W Plaxco

Sequence and temperature dependence of the end-to-end collision dynamics of single-stranded DNA.