Analysis of non-reference genome sequence in the human population

人群非参考基因组序列分析

• 批准号: 23790389
• 负责人: FUJIMOTO Akihiro
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23790389/
• 关键词: 全ゲノムシークエンス; 非標準ゲノム配列; 次世代シークエンサー; 日本人ゲノム; 構造多型; バイオインフォマティックス

We previously performed whole genome sequence of a Japanese individual and identified non-reference genome sequences from unmapped reads. To characterize non-reference genome sequences, we gathered unmapped read sequences from additional multiple Japanese individuals, and conducted de novo assembly. Approximately 4Mbp none-reference genome sequences were obtained.

我们之前对一个日本人进行了全基因组测序，并从未映射的读数中鉴定了非参考基因组序列。为了表征非参考基因组序列，我们从另外多个日本个体收集未映射的读取序列，并进行从头组装。获得了约4Mbp的非参考基因组序列。

项目成果

次世代シークエンサーを用いた日本人の全ゲノムシークエンスと遺伝的多様性の包括的解析

使用下一代测序仪对日本全基因组序列和遗传多样性进行综合分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Tsuboi Y;Oyama M;Kozuka-Hata H;Ito A;Murakami Y.;Kitada M.;藤本明洋
• 通讯作者: 藤本明洋

Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators

• DOI: 10.1038/ng.2291
• 发表时间: 2012-07-01
• 期刊: NATURE GENETICS
• 影响因子: 30.8
• 作者: Fujimoto, Akihiro;Totoki, Yasushi;Nakagawa, Hidewaki
• 通讯作者: Nakagawa, Hidewaki

Whole genome sequence and comprehensive data analysis of cancer genome

癌症基因组全基因组序列及综合数据分析

• 发表时间: 2012
• 作者: A. Fujimoto;Y. Totoki;S. Miyano;T. Tsunoda;T. Shibata;and N. Nakagawa
• 通讯作者: and N. Nakagawa

次世代シークエンサーを用いた日本人一個体の全ゲノムシークエンスと遺伝的多様性の包括的解析

使用下一代测序仪对单个日本个体的全基因组序列和遗传多样性进行综合分析

• 发表时间: 2011
• 作者: 藤本明洋;中川英刀;細野直哉;中野かおる,阿部哲雄;長崎正朗;山口類;久保充明;宮野悟;中村祐輔;角田逹彦
• 通讯作者: 角田逹彦

次世代シークエンサーを用いた日本人ゲノム解読による遺伝的多様性の包括的解析

使用下一代测序仪解码日本基因组，全面分析遗传多样性

• 发表时间: 2012
• 期刊: 最新医学2012年
• 作者: 藤本明洋;中川英刀;角田逹彦
• 通讯作者: 角田逹彦