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第一原理計算とＸ線自由電子レーザーを用いた構造解析システムの構築

利用第一性原理计算和X射线自由电子激光构建结构分析系统

基本信息

批准号：
12J05357
负责人：
大村訓史
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、X線自由電子レーザー(X-FEL)照射によって生じる多価イオン化した分子のイオンダイナミクスの解明および、X-FELを用いた構造解析法を構築する目的で、第一原理分子動力学法に基づく計算機シミュレーションを行っている。前年度は、ベンゼン環にOH基と臭素原子が付加した臭化フェーノールの多価イオン化状態(～+10価)における崩壊メカニズムを明らかにした。本年度は、計算に励起状態の効果を取り入れるため、軌道の占有数をより広く分布させ、電子系の温度を上げた計算を行った。さらに、実際にX-FELの実験で用いられたヨウ化ウラシルをターゲットとし、X-FELで実現される高価数イオン化状態のシミュレーションを行い、その分子解離プロセスの詳細を明らかにした。この研究で得られた成果は以下の通りである。臭化フェノールの励起状態を取り入れた計算により、適切な電子温度を選ぶことで、実験結果から予想される解離プロセスをよく再現できることが分かった。さらにヨウ化ウラシルに対する計算から、ヨウ化ウラシルの分子解離メカニズムにも臭化フェノールと同様の価数依存性が存在することが明らかとなった。比較的低価数においては、分子はいくつかのフラグメントに解離する。一方、ある程度高価数以上になると、リングの外縁にある水素、酸素、ヨウ素が多価イオン化と同時に解離する。この結果と臭化フェノールの結果を比較することにより、解離プロセスの分子形状依存性を明らかにした。本研究によって、X線自由電子レーザーを用いた実験における分子の崩壊は非常に複雑であるが、分子を高価数にすることで外縁原子に関しては比較的分子の形状を残した状態で解離するということが分かった。

In this study, X-FEL was irradiated by X-ray free electron microscopy (X-FEL). In this study, X-FEL was irradiated by X-ray and X-ray free electronics. in this study, X-ray and X-ray free electrons were irradiated by X-ray and X-ray free electrons. In the previous year, the OH-based odor atom in the environment of the previous year has been added to the environment in the past year. In the previous year, the environment of the environment in the past year, the environment, the environment and the environment in the previous year. For the current year, the calculation results show that the data are collected into the system, the occupancy of the channel, the distribution of the data, and the calculation of the temperature of the computer system. In this paper, we use the computer to analyze the data, the X-FEL, the data, the data, and the data. The results of the study are as follows. If you want to remove the data from the computer, select the switch, and the results of the test results, you will see that you want to separate the computer from the computer, and then you can see the data of the computer. There is a difference in numerical dependence between molecular dissociation, molecular dissociation, molecular dissociation and numerical dependence. The number is lower than the number of molecules, the number of molecules is low, and the number of molecules is lower than the number of molecules. On the one hand, if you have a high degree of concentration, if you are in a high degree or above, please do not change the content of water, acids, and nutrients. At the same time, you will be quarantined. The results showed that the molecular shape dependence of molecular shape dependence was better than that of molecular shape dependence. In this study, the use of X-ray free electrons and X-ray free electrons is very complex. The number of molecules is very high. The shape of the molecule is different from that of the exotic atom.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

DFT-MDによる臭素化芳香族分子のクーロン爆発

DFT-MD 溴化芳香族分子的库仑爆炸

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
大村訓史;下條冬樹;八尾誠;大村訓史;大村訓史;大村訓史;Satoshi Ohmura;Satoshi Ohmura;Satoshi Ohmura;大村訓史;大村訓史
通讯作者：
大村訓史

Dissociation mechanism of bromo aromatic molecules: an ab initio molecular-dynamics study

溴代芳香族分子的解离机制：从头算分子动力学研究

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
槇田歩;五十嵐裕紀;関川太郎;S. Ohmura
通讯作者：
S. Ohmura

Enhanced Charge Transfer by Phenyl Groups at a Rubren e/C60 Interface

Rubren e/C60 界面上苯基基团增强的电荷转移

DOI：
10.1063/1.4712616
发表时间：
2012
期刊：
The Journal of Chemical Physics
影响因子：
0
作者：
Weiwei Mou;Satoshi Ohmura;Shinnosuke Hattori;Ken-ichi Nomura;Fuyuki Shimojo;Aiichiro Nakano
通讯作者：
Aiichiro Nakano

Large nonadiabatic quantum molecular dynamics simulations on parallel computers

并行计算机上的大型非绝热量子分子动力学模拟

DOI：
10.1016/j.cpc.2012.08.001
发表时间：
2013
期刊：
Computer Physics Communications
影响因子：
6.3
作者：
Fuyuki Shimojo;Satoshi hmura;Weiwei Mou;Rajiv K. Kalia;Aiichiro Nakano;Priya ashishta
通讯作者：
Priya ashishta

第一原理分子動力学法による液体酸素の超高圧下における構造と電子状態

利用第一性原理分子动力学方法研究超高压液氧的结构和电子态