次世代シークエンサーで検出された癌細胞ゲノム・エピゲノム変異の統合的情報解析手法

新一代测序仪检测癌细胞基因组及表观基因组突变的综合信息分析方法

• 批准号: 12J05406
• 负责人: 鈴木 絢子
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12J05406/
• 关键词: マルチオミクス解析; ゲノム; エピゲノム; トランスクリプトーム; 肺腺癌; 細胞株; がんゲノム; ChIP-Seq; 統合情報解析

肺腺癌細胞株におけるマルチオミクスシークエンス解析を行い、論文発表を行った。＜マルチオミクス統合解析＞　癌細胞の異常な遺伝子発現低下に関わるゲノム・エピゲノム変異について解析した。既知の癌抑制遺伝子を中心に解析した結果、発現異常に関連するゲノム・エピゲノム異常は遺伝子によって特徴があることが示唆された。また、DNAメチル化や抑制性のヒストン修飾（H3K27me3およびH3K9me3）といった転写抑制因子は、細胞株によって特徴があることが示唆された。さらに、これらの特徴ある抑制因子パターンを持つ細胞株において、関連するヒストン修飾因子のゲノム変異が一部見出されており、エピゲノムパターンに影響を及ぼすゲノム変異候補を抽出することができた。＜バリデーション実験および解析＞　解析に使用したRNA-Seq、バイサルファイトシークエンス、ChIP-Seqデータの確認実験を行った。RNA-Seqは、52遺伝子の発現量についてqRT-PCRとの比較を行った。バイサルファイトシークエンスは、サンガーシークエンスでCpGサイトのDNAメチル化率を確認した。ChIP-Seqは、qPCRによる濃縮および定性性の確認、反復実験、ENCODEデータとの比較等を行った。＜臨床検体データとの統合解析＞　先行研究で解析した肺腺癌臨床検体のゲノム変異と細胞株のゲノム変異を比較した。特に、エピゲノムおよびトランスクリプトームに影響を及ぼすようなクロマチンリモデリング関連、ヒストン修飾関連、および、スプライシング関連遺伝子に着目したところ、ARID1AやEP300を含むいくつかの遺伝子において臨床検体および細胞株の両者で変異が見られた。これらの共通点及びその組み合わせは、臨床検体と細胞株におけるトランスクリプトームおよびエピゲノムデータの統合および相互写像に重要であると考えられる。

Analysis of lung adenocarcinoma cell lines における における チ チ チ チ チ チ を <s:1> スシ <s:1> エ エ ス ス を line ス, paper release table を line った. < マ ル チ オ ミ ク ス identity resolution > cancer cells abnormal の な heritage 伝 son 発 now low に masato わ る ゲ ノ ム · エ ピ ゲ ノ ム - different に つ い て parsing し た. Already know の carcinoma survived 伝 son を center に し analytical た results and abnormal 発 now に masato even す る ゲ ノ ム · エ ピ ゲ ノ ム abnormal は heritage 伝 son に よ っ て, 徴 が あ る こ と が in stopping さ れ た. ま た, DNA メ チ ル change や inhibitory の ヒ ス ト ン modification (H3K27me3 お よ び H3K9me3) と い っ た planning write inhibitory factor は, cell lines に よ っ て, 徴 が あ る こ と が in stopping さ れ た. さ ら に, こ れ ら の, 徴 あ る inhibitory factor パ タ ー ン を hold つ cell lines に お い て, masato す る ヒ ス ト ン modifier の ゲ ノ ム - out different が a さ れ て お り, エ ピ ゲ ノ ム パ タ ー ン に influence を and ぼ す ゲ ノ ム - different alternate を spare す る こ と が で き た. < バ リ デ ー シ ョ ン be 験 お よ び parse > parse に use し た RNA - Seq, バ イ サ ル フ ァ イ ト シ ー ク エ ン ス, ChIP - Seq デ ー タ の confirmation be 験 を line っ た. The occurrence amounts of RNA-Seq and 52 subsphares 伝 subsphares are compared with those of qRT-PCRと subsphares in を rows った. バ イ サ ル フ ァ イ ト シ ー ク エ ン ス は, サ ン ガ ー シ ー ク エ ン ス で CpG サ イ ト の DNA メ チ ル flowrate を confirm し た. ChIP - Seq は, qPCR に よ る enrichment お よ び qualitative sex の confirmation, again and again be 験, ENCODE デ ー タ と の comparison を line っ た. < clinical 検 body デ ー タ と の identity resolution > leading research で parsing し た lung adenocarcinoma clinical 検 body の ゲ ノ ム - different と cell lines の ゲ ノ ム - different を compare し た. に, エ ピ ゲ ノ ム お よ び ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム に influence を and ぼ す よ う な ク ロ マ チ ン リ モ デ リ ン グ masato, ヒ ス ト ン modified masato, お よ び, ス プ ラ イ シ ン グ masato even heritage 伝 son に with mesh し た と こ ろ, ARID1A や EP300 を containing む い く つ か の posthumous son 伝 に お い て clinical 検 body お よ び cell lines の で struck Change が see られた. こ れ ら の in common and び そ の group み close わ せ は, clinical 検 と cell lines に お け る ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム お よ び エ ピ ゲ ノ ム デ ー タ の integration お よ び write each other as important で に あ る と exam え ら れ る.

项目成果

Characterization of cancer mutation patterns in lung adenocarcinoma

肺腺癌癌症突变模式的表征

• 发表时间: 2012
• 作者: 白井涼大;北台紀夫;福士圭介;鈴木絢子
• 通讯作者: 鈴木絢子

Characterization of cancer mutation patterns in lung cancers

肺癌癌症突变模式的表征

• 发表时间: 2013
• 作者: 楊晨;北台紀夫;福士圭介;鈴木絢子
• 通讯作者: 鈴木絢子

Comprehensive catalogues of genome, transcriptome and epigenome in lung adenocarcinoma cell lines

肺腺癌细胞系基因组、转录组和表观基因组的综合目录

• 发表时间: 2013
• 作者: Kazuhisa Nojima;Yoshinori Katayama;Keiji Iramina;鈴木絢子
• 通讯作者: 鈴木絢子

Integrative multi-omics analysis in lung adenocarcinoma cells

肺腺癌细胞的综合多组学分析

• 发表时间: 2015
• 作者: Ayako Suzuki;Takashi Kohno;Katsuya Tsuchihara;Yutaka Suzuki
• 通讯作者: Yutaka Suzuki

Regulatory Aberrations in Cancer Cells ; Integrative Genome, Transcriptome and Epigenome analysis in 26 lung adenocarcinoma cell lines

癌细胞中的调节失常；

• 发表时间: 2014
• 作者: 野嶋和久;片山喜規;伊良皆啓冶;鈴木絢子
• 通讯作者: 鈴木絢子