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ファイトレメディエーション効率化のための植物オミクス解析およびデータベース開発

植物组学分析和数据库开发以提高植物修复效率

基本信息

批准号：
12J07771
负责人：
込山悠介
金额：
$ 1.15万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012 至 2013
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12J07771/
关键词：
タンパク質―リガンド相互作用プロテオームインタラクトーム分子間相互作用セマンティックウェブ RDF SPARQL データベースプロテオミクスファイトレメディエーションタンパク質-リガンド結合バイオインフォマティクスオントロジー Linked Open Data

项目摘要

平成25年度は開発したタンパク質―リガンド結合部位組合せデータベースであるProtein Ligand Binding Site Pair (PLBSP)を中心に、主要なタンパク質および化合物の公共データベースの情報をセマンティックウェブに対応させRescorce Description Freamwork (RDF)でリンクした。具体的にはPDB、UniProt、PDB CCD、ChEBIなどである。また、PLBSPでは原子間相互作用の組合せと距離を取り扱ったが、データサイズが長大になることや残基同士の組合せを解析したいという要求から、タンパク質―リガンド結合の残基組合せについて再編纂したPLBSPResidue。タンパク質の鎖(chain)ごとに構造ドメイン、配列、文献、分類学などの主要データベースへのリンク情報を持つEBIのSIFTSをRDF化した。これにより、タンパク質―リガンド結合部位組合せの解析結果のアノテーションをより充実させることができた。本研究において作成・統合されたデータベースは、インタラクトーム(網羅的な分子間相互作用の研究)Linked Open Data (LOD)としてデータベースへ実装、Webで公開した。この意義はデータベースを情報資源としたアプリケーションを効率的に開発できるようになった。機械学習による糖や金属、低分子化合物と結合するタンパク質の部位(残基)予測ツールが開発され、Webで利用可能なパイプラインソフトウェアの機能を短期間で拡張することができた。結果のソフトウェアはhttp://utprot.netにおいてUTProt Galaxyとして公開している。研究の目的であるファイトレメディエーション効率化のための植物のオミクス解析に向けた、タンパク質―リガンド結合部位のデータベースと予測ツールを開発することができた。

For the year 25 in Pingcheng, the combined parts of the Protein Ligand Binding Site Pair (PLBSP) system and the major chemical compounds in Pingcheng have been used to improve the quality of the products. The Rescorce Description Freamwork (RDF) system has been widely used. Specific "PDB", "UniProt", "PDB CCD" and "ChEBI". The system of interaction between atoms, PLBSP, and the interaction between atoms is used to determine the distance between atoms, and to analyze the residues in order to analyze the requirements and to combine the residues to compile the PLBSPResidue. This is the most important thing for you to do. (chain) is required to make information, arrangement, literature, classification, and so on. The combination of the two parts was analyzed and the results showed that there was no significant difference between the two groups. In this study, we made a systematic study of Linked Open Data (LOD), Web (Intermolecular interaction Research), and so on. This means that the rate of failure of information resources is related to the rate of failure. Mechanical engineering tests show that the combination of low molecular weight compounds and metal compounds (residues) can be performed in the first place, and the Web may be used in the short term. Results the results showed that there were significant differences between http://utprot.net and UTProt Galaxy in the public sector. The purpose of the study is to analyze the characteristics of the plant in the combination part of the combination of the temperature and the temperature, so as to improve the safety of the plant.