Analysis of gene regulatory networks in Boolean models

布尔模型中的基因调控网络分析

• 批准号: 23700017
• 负责人: TAMURA Takeyuki
• 金额: $ 1.25万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700017/
• 关键词: 遺伝子制御ネットワーク; ブーリアンモデル; 定常状態; アルゴリズム; 数理モデル; 代謝ネットワーク; 計算量理論; 充足可能性問題; バイオインフォマティクス; 整数計画法; 動的計画法

The Boolean network (BN) is a discrete mathematical model for describing regulatory relationship of genes in cells. Although problems for finding stable states of BNs and control strategies are known to be NP-hard, they are often solvable for middle size networks due to recent high performance computing vie exact algorithms and/or integer programming-based methods.In this research, exact algorithms for finding attractors of period 2 were developed. Furthermore, integer programming-based methods were developed for problems for finding singleton attractors, control of BNs, and control of attractors.

布尔网络（BN）是描述细胞内基因调控关系的离散数学模型。尽管寻找 BN 的稳定状态和控制策略的问题被认为是 NP 困难的，但由于最近的高性能计算通过精确算法和/或基于整数规划的方法，这些问题通常对于中等规模的网络是可以解决的。在这项研究中，开发了寻找周期 2 吸引子的精确算法。此外，还开发了基于整数规划的方法来解决寻找单子吸引子、BN 控制和吸引子控制的问题。

项目成果

Efficient Exponential Time Algorithms for Edit Distance between Unordered Trees

无序树间编辑距离的高效指数时间算法

• DOI: 10.1007/978-3-642-31265-6_29
• 发表时间: 2012
• 期刊: Lecture Note in Computer Science
• 作者: Tatsuya Akutsu;Takeyuki Tamura;Daiji Fukagawa;Atsuhiro Takasu
• 通讯作者: Atsuhiro Takasu

A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree

有界外平面图最大公共子图的多项式时间算法

• 发表时间: 2012
• 作者: Takeyuki Tamura;Tatsuya Akutsu
• 通讯作者: Tatsuya Akutsu

Predicting essential genes via impact degree on metabolic networks

通过对代谢网络的影响程度预测必需基因

• 发表时间: 2011
• 作者: K. Makino;S. Tamaki; M. Yamamoto;Takeyuki Tamura
• 通讯作者: Takeyuki Tamura

論文リスト

论文列表

Efficient Exponential Time Algorithms for Edit Distance between Unordered Trees. Proc.

用于编辑无序树之间距离的高效指数时间算法。

• 发表时间: 2012
• 作者: Tatsuya Akutsu;Takeyuki Tamura;Daiji Fukagawa;Atsuhiro Takasu
• 通讯作者: Atsuhiro Takasu