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Tertiary structure prediction by multi-scale simulation

Tertiary structure prediction by multi-scale simulation
通过多尺度模拟进行三级结构预测
批准号：
23700359
负责人：
KAMEDA Tomoshi
金额：
$3.0万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2011 至 2012
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700359/
关键词：
蛋白質RNA立体構造予測分子動力学(MD)分子動力学

项目摘要

项目成果

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We developed the coarse-grained model of RNA molecule. Our model consists of 3 type beads(P: Phosphate, S: sugar, B: Base). Using this model, we carried out molecular dynamics simulation of RNA, which predicted native tertiary structure correctly.
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会议论文
分子動力学シミュレーション技術による化合物可溶化メカニズムの解明
利用分子动力学模拟技术阐明化合物增溶机理
DOI： --
发表时间： 2012
期刊：
影响因子： --
作者： [Okamoto M, Hojo Y, Inoue K, Matsui T, Kawato S, Mc Ewen BS, Soya H., 亀田倫史]
通讯作者： 亀田倫史
蛋白質異常凝集の原理と制御
蛋白质异常聚集的原理及控制
DOI： --
发表时间： 2011
期刊：
影响因子： --
作者： [Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN., 黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元]
通讯作者： 黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元
On Easy Implementation of a Variant of the Replica Exchange with Solute Tempering in GROMACS
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通讯作者： Takada, Shoji
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发表时间： 2011
期刊： J. Phys. Chem. B
影响因子： 3.3
作者： [Keisuke Ikeda, Tomoshi Kameda, Erisa Harada, Hideo Akutsu, and Toshimichi Fujiwara]
通讯作者： and Toshimichi Fujiwara
共 7 条
    国内基金
    海外基金
    免标记CRISPR-RNA适配体与门逻辑分子诊断新方法研究
    • 批准号：
      2026JJ50010
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      应站明
    • 依托单位：
      湘潭大学
    RNA m6A修饰通过调控FDX1介导的铜死亡参与补阳还五汤抗脑缺血再灌注损伤作用机制的研究
    • 批准号：
      2026JJ81091
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      刘亮
    • 依托单位：
      宁乡市人民医院
    基于合成生物标志物的超多重RNA数字化检测平台用于肿瘤精准诊断和分期评估
    • 批准号：
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      程子译
    • 依托单位：
      海南医科大学
    Dead-box解旋酶DDX23通过调控RNA高级结构促进肝癌细胞恶性生物学行为的分子机制研究
    • 批准号：
      JCZRLH202600588
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
    • 依托单位：
      湖北医药学院