Tertiary structure prediction by multi-scale simulation

通过多尺度模拟进行三级结构预测

• 批准号: 23700359
• 负责人: KAMEDA Tomoshi
• 金额: $ 3万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700359/
• 关键词: 蛋白質; RNA; 立体構造予測; 分子動力学(MD); 分子動力学

We developed the coarse-grained model of RNA molecule. Our model consists of 3 type beads(P: Phosphate, S: sugar, B: Base). Using this model, we carried out molecular dynamics simulation of RNA, which predicted native tertiary structure correctly.

我们发展了RNA分子的粗粒度模型。我们的模型由3种类型的珠子组成（P：磷酸盐，S：糖，B：碱）。利用该模型对RNA进行了分子动力学模拟，正确预测了RNA的天然三级结构。

项目成果

分子動力学シミュレーション技術による化合物可溶化メカニズムの解明

利用分子动力学模拟技术阐明化合物增溶机理

• 发表时间: 2012
• 作者: Okamoto M;Hojo Y;Inoue K;Matsui T;Kawato S;Mc Ewen BS;Soya H.;亀田倫史
• 通讯作者: 亀田倫史

蛋白質異常凝集の原理と制御

蛋白质异常聚集的原理及控制

• 发表时间: 2011
• 作者: Ohkawa Y;Mallappa C;Vallaster CS;Imbalzano AN.;黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元
• 通讯作者: 黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元

On Easy Implementation of a Variant of the Replica Exchange with Solute Tempering in GROMACS

• DOI: 10.1002/jcc.21703
• 发表时间: 2011-05-01
• 期刊: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
• 影响因子: 3
• 作者: Terakawa, Tsuyoshi;Kameda, Tomoshi;Takada, Shoji
• 通讯作者: Takada, Shoji

Combined Use of Replica-Exchange Molecular Dynamics and Magic-Angle-Spinning Solid-State NMR Spectral Simulations for Determining the Structure and Orientation of Membrane-Bound Peptide

结合使用复制交换分子动力学和魔角旋转固态核磁共振波谱模拟来确定膜结合肽的结构和方向

• DOI: 10.1021/jp205290t
• 发表时间: 2011
• 期刊: J. Phys. Chem. B
• 影响因子: 3.3
• 作者: Keisuke Ikeda;Tomoshi Kameda;Erisa Harada;Hideo Akutsu;and Toshimichi Fujiwara
• 通讯作者: and Toshimichi Fujiwara

粗視化モデル分子動力学法を用いた RNA 立体構造予測

利用粗粒度模型分子动力学方法预测RNA 3D结构

• 发表时间: 2012
• 作者: 三浦友樹;松木則夫;野村洋;亀田倫史
• 通讯作者: 亀田倫史