权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

ＳＭＰ３０／ＧＮＬとＧＬＯを例にした不安定中間代謝物の輸送メカニズムの解明

以SMP30/GNL和GLO为例阐明不稳定中间代谢物的转运机制

基本信息

批准号：
14J04356
负责人：
原田彩佳
金额：
$ 1.09万
依托单位：
The Graduate University for Advanced Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2016-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14J04356/
关键词：
Native-SAD SHELXD 重原子探索スケーリング GLO SMP30 ビタミンC マルトース結合タンパク質

项目摘要

GLOの結晶構造解析における位相決定はSulfur-SAD (以下S-SAD) 法にて行う計画であったため、S-SAD法の標準プロトコルをSphingobium sp. SYK-6株の脱メチル化酵素 (LigM) を利用して検討してきた。S-SAD法による位相決定のための回折強度データの収集は、波長2.7 Å を用いてPhoton Factory BL-1Aにて行った。S原子座標の探索はSHLEXCとSHELXDを用いた。SHELXCの結果から、SHELXDにおけるS原子の探索の分解能は3.4 Åで行ったが、分解能3.4 ÅではS原子の位置が求まらなかった。そこで、SHELXDでS原子の探索を行う際の分解能とS原子の個数を細く設定しSHELXD-grid searchをかけてみた。SHELXD-grid searchの結果、多くの条件でS原子の位置を決定することができた。また、スケーリングの分解能を2.6から3.2Åまで0.1Åずつ変化させ、SHELXD-grid searchを行ったところ、S原子の位置が決定できたと判断できる分解能とS原子の個数組み合わせに相関が得られなかった。よって、スケーリングする際の分解能が0.1Å異なるだけで、SHELXD-grid searchの結果に影響することがわかった。S-SAD法による位相決定に向けて約 2年間150以上もの回折強度データを収集し、試行錯誤データ解析を行っていたが位相決定には至っていなかったが、採用２年目にしてS-SAD法による位相決定に成功しS-SAD法の標準プロトコル作成の目標へと一歩近づいた。また、『S-SAD法による位相決定のための解析手法の検討』という新しい研究の展開も可能になると考えられた。

The results of GLO analysis show that the phase is determined by Sulfur-SAD (following S-SAD) method, and the standard of S-SAD method is Sphingobium sp. SYK-6 strain was purified by enzyme enzyme (LigM). The phase of S-SAD method is used to determine the bending strength of the wave, and the wave length of 2.7nm is determined by the Photon Factory BL-1A phase. S atomic seat tag explores the use of "SHLEXC" SHELXD marker. The results of SHELXC results show that the decomposition energy of S atom is 3.4%, and the decomposition energy is 3.4% of the position of S atom. The number of S atoms, the number of S atoms, the number of SHELXD atoms, the number of S atoms, the number The results of the SHELXD-grid search results and the location of the S atom in the multiple conditions determine the location of the atom. The decomposition energy can be determined by the determination of the position of S atoms, the decomposition energy of S atoms, the position of S atoms, and the position of S atoms. The results of SHELXD-grid search analysis show that there are no significant differences between the two groups. The phase determination of S-SAD method has been used to determine the strength of the S-SAD standard for more than 2 years. In the following two years, the standard of S-SAD method has been established. The phase of the S-SAD method determines the analytical technique. The new research may be carried out.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

The case of sulfur-SAD phasing trial of LigM from Sphingobium sp. SYK-6

来自鞘氨醇 sp. 的 LigM 的硫-SAD 定相试验案例。

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ayaka Harada;Yusuke Yamada;Dorothee Liebschner;Toshiya Senda
通讯作者：
Toshiya Senda

S-SAD法による位相決定のための解析条件の検討

使用S-SAD法测定相的分析条件的检查

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
原田彩佳;山田悠介;Dorothee Liebschner,千田俊哉
通讯作者：
Dorothee Liebschner,千田俊哉

S-SAD法による新規構造決定への試み

尝试使用S-SAD方法确定新结构

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
原田彩佳;山田悠介;千田俊哉
通讯作者：
千田俊哉

Complete pyridine-nucleotide-specific conversion of an NADH-dependent ferredoxin reductase

NADH 依赖性铁氧还蛋白还原酶的完全吡啶核苷酸特异性转化

DOI：
10.1042/bj20140384
发表时间：
2014
期刊：
Biochemical Journal
影响因子：
4.1
作者：
Nishizawa A;Harada A;Senda M;Tachihara Y;Muramatsu D;Kishigami S;Mori S;Sugiyama K;Senda T;Kimura S
通讯作者：
Kimura S

Substructure determination for native-SAD phasing,

原生 SAD 定相的子结构测定，