葉緑体置換に伴うクロロフィルａ合成系進化：「１足す１は１」型ゲノム進化解明へ

１．研究成果を学術誌に投稿本研究課題で得られた成果をオンラインジャーナルPeerJ誌に英文論文として報告した。本論文「Trends in reconstruction of three nucleus-encoded, plastid-localized pathways for the heme, chlorophyll a and isopentenyl diphosphate biosynthesises in two separate dinoflagellate lineages bearing non-canonical plastids.」では葉緑体を置換した渦鞭毛藻Karenia/Karlodiniumおよび LepidodiniumにおけるChl a合成系遺伝子およびChl a合成に関与の深い他2代謝系（ヘム合成系、イソプレノイド合成系）遺伝子の起源を報告した。平成30年5月8日現在、本論文のプレプリント版が閲覧可能である（https://peerj.com/preprints/3488.pdf）。査読の結果主な追加解析としてベイズ法による系統解析の再試行をする必要が生じた。そこで系統解析ソフトウェアPhyloBayesを用いて再解析を実行した。２．渦鞭毛藻Takayama tasmanicaにおける網羅的発現遺伝子解析大量培養したT.tasmanica細胞よりRNAを抽出した。次世代シーケンサーIllumina Nextseq500による150 bpペアエンド解析を実施し約33.7 Gbpの塩基配列を決定した。所属研究室の計算機を使用して配列アセンブリソフトウェアTrinityによるmRNA配列再構築を実施した結果、396,830コンティグ配列を取得したことから本種の十分な網羅的発現遺伝子データ構築に成功したと判断した。

１．研究成果を学術誌に投稿本研究課題で得られた成果をオンラインジャーナルPeerJ誌に英文論文として報告した。本論文「Trends in reconstruction of three nucleus-encoded, plastid-localized pathways for the heme, chlorophyll a and isopentenyl diphosphate biosynthesises in two separate dinoflagellate lineages bearing non-canonical plastids.」では葉緑体を置換した渦鞭毛藻Karenia/Karlodiniumおよび LepidodiniumにおけるChl a合成系遺伝子およびChl a合成に関与の深い他2代謝系（ヘム合成系、イソプレノイド合成系）遺伝子の起源を報告した。平成30年5月8日現在、本論文のプレプリント版が閲覧可能である（https://peerj.com/preprints/3488.pdf）。査読の結果主な追加解析としてベイズ法による系統解析の再試行をする必要が生じた。そこで系統解析ソフトウェアPhyloBayesを用いて再解析を実行した。２．渦鞭毛藻Takayama tasmanicaにおける網羅的発現遺伝子解析大量培養したT.tasmanica細胞よりRNAを抽出した。次世代シーケンサーIllumina Nextseq500による150 bpペアエンド解析を実施し約33.7 Gbpの塩基配列を決定した。所属研究室の計算機を使用して配列アセンブリソフトウェアTrinityによるmRNA配列再構築を実施した結果、396,830コンティグ配列を取得したことから本種の十分な網羅的発現遺伝子データ構築に成功したと判断した。