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遺伝子発現に対するRNA分解および転写後制御の寄与

遺伝子発現に対するRNA分解および転写後制御の寄与
RNA 降解和转录后调控对基因表达的贡献
批准号:
15J05075
负责人:
前川 翔
金额:
$1.79万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2015
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2015-04-24 至 2018-03-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
最初的建议是确定RNA衰变在介导最终RNA丰度变化中的潜在作用。在上一财年,我进一步完善了BRIC seq的RNA衰变图谱,进一步分类了能够通过RNA衰变上调的有趣的一组基因,以及获得正反馈的基因,它们往往是转录因子。我开始进行验证,以确认RNA衰变是驱动基因表达变化的主要因素。此外,我已经覆盖了转录因子数据,以阐明转录因子反馈的可能性。此外,我比较了HIF-1 ChIP seq数据,发现HIF-1和RNA衰变在调控上似乎是不同的。除了实验室实验外,我还综合了这些发现,准备在学术期刊上发表一篇论文。
英文摘要
The original proposal was to identify the potential role of RNA decay in mediating changes of the eventual RNA abundance.In the last fiscal year, I was to further refine the RNA decay profile of BRIC seq, further classified the interesting set of genes that were able to be up-regulated via RNA decay, and genes that receive positive feedback and they tend to be transcription factors. I started to conduct validations to confirm that the RNA decay is the main factor that drive changes in gene expression.In addition I have overlaid the transcription factor data to elucidate the possibility of feedback for the transcription factors.In addition, I have compared the HIF-1 ChIP seq data to find that HIF-1 and RNA decay seems to be distinct in regulation. Alongside the lab experiments, I have been synthesizing the findings to publish a paper in an academic journal.
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会议论文
Contribution of RNA decay in mediating changes in the transcriptome in cellular stress
RNA 衰变在介导细胞应激转录组变化中的作用
DOI: --
发表时间: 2017
期刊:
影响因子: --
作者: [Sho Maekawa, Sumio Sugano, Nobuyoshi Akimitsu, Yutaka Suzuki]
通讯作者: Yutaka Suzuki
RNA-seqマスターブック
RNA-seq 大师书籍
DOI: --
发表时间: 2016
期刊:
影响因子: --
作者: [前川翔, 鈴木絢子]
通讯作者: 鈴木絢子
Regulation of the transcritome though RNA decay under hypoxia in human colorectal cancer cells,
人结直肠癌细胞缺氧条件下 RNA 衰变对转录组的调节
DOI: --
发表时间: 2015
期刊:
影响因子: --
作者: [Maekawa, S., Akimitsu, N. and Suzuki, Y]
通讯作者: Y
RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance
RNA 衰减因子介导的 RNA 稳定性对 RNA 丰度的贡献
DOI: --
发表时间: 2015
期刊:
影响因子: --
作者: [Maekawa, S., Imamachi, N., Irie, T., Tani, H., Matsumoto, K., Mizutani, R., Imamura, K., Kakeda, M., Yada, T., Sugano, S., Suzuki, Y. and Akimitsu, N.]
通讯作者: N.
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