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遺伝子発現に対するＲＮＡ分解および転写後制御の寄与

RNA 降解和转录后调控对基因表达的贡献

基本信息

批准号：
15J05075
负责人：
前川翔
金额：
$ 1.79万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-24 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

The original proposal was to identify the potential role of RNA decay in mediating changes of the eventual RNA abundance.In the last fiscal year, I was to further refine the RNA decay profile of BRIC seq, further classified the interesting set of genes that were able to be up-regulated via RNA decay, and genes that receive positive feedback and they tend to be transcription factors. I started to conduct validations to confirm that the RNA decay is the main factor that drive changes in gene expression.In addition I have overlaid the transcription factor data to elucidate the possibility of feedback for the transcription factors.In addition, I have compared the HIF-1 ChIP seq data to find that HIF-1 and RNA decay seems to be distinct in regulation. Alongside the lab experiments, I have been synthesizing the findings to publish a paper in an academic journal.

最初的计划是确定RNA衰变在介导最终RNA丰度变化中的潜在作用，在上一财年，我进一步完善了BRIC seq的RNA衰变谱，进一步分类了能够通过RNA衰变上调的有趣基因组，以及接受正反馈的基因，它们往往是转录因子。我开始进行验证，以确认RNA降解是驱动基因表达变化的主要因素。此外，我还叠加了转录因子数据，以阐明转录因子反馈的可能性。此外，我还比较了HIF-1 ChIP seq数据，发现HIF-1和RNA降解在调控方面似乎是不同的。除了实验室的实验，我一直在综合研究结果，在学术期刊上发表论文。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Contribution of RNA decay in mediating changes in the transcriptome in cellular stress

RNA 衰变在介导细胞应激转录组变化中的作用

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sho Maekawa;Sumio Sugano;Nobuyoshi Akimitsu;Yutaka Suzuki
通讯作者：
Yutaka Suzuki

RNA-seqマスターブック

RNA-seq 大师书籍

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
前川翔;鈴木絢子
通讯作者：
鈴木絢子

Regulation of the transcritome though RNA decay under hypoxia in human colorectal cancer cells,

人结直肠癌细胞缺氧条件下 RNA 衰变对转录组的调节

DOI：
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
0
作者：
Maekawa;S.;Akimitsu;N. and Suzuki;Y
通讯作者：
Y

RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance

RNA 衰减因子介导的 RNA 稳定性对 RNA 丰度的贡献

DOI：
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
0
作者：
Maekawa;S.;Imamachi;N.;Irie;T.;Tani;H.;Matsumoto;K.;Mizutani;R.;Imamura;K.;Kakeda;M.;Yada;T.;Sugano;S.;Suzuki;Y. and Akimitsu;N.
通讯作者：
N.

RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundanc

RNA 衰减因子介导的 RNA 稳定性对 RNA 丰度的贡献

DOI：
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
0
作者：
Maekawa;S.;Imamachi;N.;Irie;T.;Tani;H.;Matsumoto;K.;Mizutani;R.;Imamura;K.;Kakeda;M.;Yada;T.;Sugano;S.;Suzuki;Y. and Akimitsu;N.
通讯作者：
N.