画像処理技術を用いたオルガネラ形態の自動計測

利用图像处理技术自动测量细胞器形态

• 批准号: 16J06044
• 负责人: 湖城 恵
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Sophia University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-22 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16J06044/
• 关键词: 生物画像処理; 画像処理

ImageJやPhotoshopといったこれまでの初学者用画像処理ソフトウェアは、網羅的に実装されたメニュー項目中から目的とする機能をプルダウンン形式で選択するユーザーインターフェイス (UI) を有している。このユーザーインターフェイスは機能一覧の視認性に富むが、目的とする機能を取捨選択するための学習コストが大きく、画像処理初学者にとっては使いやすいUIではない。そのため、入力画像に対してあらかじめ厳選された特定の画像処理手法をクリック形式で施す新規のUIを開発・実装した。これら新規画像処理プラットフォームの開発成果により、現時点では画像処理の経験がない初学者においても高度な画像処理手法を提供することが可能となった。本申請課題の要であるオルガノ形態の定量解析機能を評価するために、哺乳類培養細胞におけるストレス顆粒の個数・形態解析評価を行なった。哺乳類培養細胞を亜ヒ酸ナトリウムで処理すると時間依存的にストレス顆粒が産生されることが報告されている。そこで、亜ヒ酸ナトリウム処理時のストレス顆粒を手動でトレースした結果と新規画像処理プラットフォームによる定量解析を比較した。その結果、新規画像処理プラットフォームを用いて、手動による評価と同様の結果をより定量的かつ高速に取得できることが示された。なお、これらの成果はオープンアクセスジャーナルであるPlos One誌に掲載された。

ImageJ や Photoshop と い っ た こ れ ま で の beginners by portrait 処 ソ フ ト ウ ェ ア は, snare に be loaded さ れ た メ ニ ュ ー project か ら purpose と す る function を プ ル ダ ウ ン ン form で sentaku す る ユ ー ザ ー イ ン タ ー フ ェ イ ス (UI) を し て い る. こ の ユ ー ザ ー イ ン タ ー フ ェ イ ス は function a 覧 visibility の に rich む が, purpose と す る function を trade-off sentaku す る た め の learning コ ス ト が big き く, portrait 処 beginners に と っ て は make い や す い UI で は な い. そ の た め, portrait into force に し seaborne て あ ら か じ め 厳 choose さ れ た specific の portrait 処 Richard gimmick を ク リ ッ ク form で す shi new rules の UI を open 発 · be load し た. こ れ ら new rules portrait 処 Richard プ ラ ッ ト フ ォ ー ム の open 発 results に よ り, current で は portrait 処 Richard の 経 験 が な い beginners に お い て も な portraits 処 manage sleight を provide す る こ と が may と な っ た. の this application subject to で あ る オ ル ガ ノ form の quantitative analytic function を review 価 す る た め に, mammals culture cell に お け る ス ト レ ス particle number, form analytical review 価 の を line な っ た. Mammals culture cell を 亜 ヒ acid ナ ト リ ウ ム で 処 Richard す る と time dependent に ス ト レ が ス particles generate さ れ る こ と が report さ れ て い る. そ こ で, 亜 ヒ acid ナ ト リ ウ ム 処 when Richard の ス ト レ ス particles を manual で ト レ ー ス し た results と new rules portrait 処 Richard プ ラ ッ ト フ ォ ー ム に よ る quantitative analytic を compare し た. そ の results, new rules portraits 処 プ ラ ッ ト フ ォ ー ム を with い て, manual に よ る review 価 と with others の results を よ り quantitative か つ high-speed に obtain で き る こ と が shown さ れ た. な お, こ れ ら の results は オ ー プ ン ア ク セ ス ジ ャ ー ナ ル で あ る Plos One volunteer に first white jasmines load さ れ た.

项目成果

A cloud-based bioimage analysis platform for morphological analysis and image classification.

基于云的生物图像分析平台，用于形态分析和图像分类。

• DOI: 10.1371/journal.pone.0212619
• 发表时间: 2019
• 期刊: PLOS ONE
• 影响因子: 3.7
• 作者: Shimahara Y;Sugawara K;Kojo KH;Kawai H;Yoshida Y;Hasezawa S;Kutsuna N
• 通讯作者: Kutsuna N