環境水の次世代ＤＮＡ解析による迅速で正確な流域内の種多様性と生息分布の評価

使用下一代环境水 DNA 分析快速准确地评估流域内的物种多样性和栖息地分布

• 批准号: 16J08855
• 负责人: 八重樫 咲子
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Ehime University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-22 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16J08855/
• 关键词: 水生昆虫; 環境DNA; 種多様性

本研究では，従来の生物モニタリングで用いられている形態同定に基づく種多様性評価に変わり，河川水中のDNAの次世代シーケンシング解析を行うことで，流域内の種多様性と各種の生息分布を迅速に評価する新規的な技術を開発することを目的としている．今年度はまず，河川水からのDNA抽出手法の検討を行った．そして，最適であったDNA抽出手法を用いて，重信川を対象にした河川水の次世代DNA解析を行った．ここでは，重信川水系12地点から2Lの河川水を採集し， 0.2μmのメンブレンフィルターを用いて濾過した．次に，濾過に用いたフィルターを加熱滅菌した器具を用いて切り刻み，2時間のプロテナーゼK処理を経て，フェノール・クロロホルム法によるDNA抽出を行った．この手法で得られたDNAにはPCR阻害物質が多量に含まれており，以降の実験を阻害する恐れがある．そのため，カラム精製によりこれらの物質を取り除いた．続いて，Cytochrome Oxidase I 領域のPCR増幅し，次世代シーケンサーMiSeqを用いてPCR産物中のDNA塩基配列の解読を行った．最後にDNAデータベースを活用してDNAの由来となった生物種名の検索を行った．種名が得られた配列は393,749配列であり，そのうち昆虫網は56,025配列と約14%であった．また昆虫網の中でも最も多数の配列が得られたのは陸生昆虫が大部分を占めるチョウ目であった．このことから，本手法により水生生物のみならず，陸生の生物の多様性も評価できる可能性が示された．その一方で，河川水中の環境DNA解析を用いた水生昆虫の種多様性評価を効果的に行うためには，対象分類群のDNAを濃縮する手法の開発が必要と考えられる．

The purpose of this study is to analyze the distribution of DNA in rivers and rivers. In this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study have led to the rapid development of new technologies and regulations in the The method of DNA extraction of river water, the method of extraction, the method of DNA extraction, the method of extraction, the method of extraction After using the disinfecting machine, adding the sterilizing apparatus, using the disinfecting machine to cut the machine, 2 hours to cut the machine, and using the method to extract the DNA, the method was used to reduce the amount of harmful substances in the PCR, so as to reduce the damage caused by the virus. The next generation of PCR uses the base of DNA in PCR to solve the problem of row. Finally, the source of DNA is the biological name of DNA, the name of which is assigned to the column of 393749. The number of insects in the 56025 arrangement is about 14%. In the most common arrangement of insects, most of the insects account for the majority of the insects, and the majority of the insects account for the majority of the insects. The majority of the insects account for the majority of the insects, which account for the majority of the insects. The DNA analysis of the environment in rivers and rivers is based on the use of aquatic insects to detect multi-sex fruit, and the classification group of images, such as the DNA classification group, is necessary to do some research.

项目成果

次世代シーケンス解析による瀬切れ河川の水生昆虫複数種を対象とした流域内交流パターンの網羅的評価

利用下一代序列分析综合评估河流中多种水生昆虫的流域内相互作用模式

• 发表时间: 2016
• 期刊: 土木学会論文集Ｇ（環境）
• 作者: R.K.ソーヤー;秋田 喜代美;森 敏昭;大島 純;白水 始;望月 俊男;益川 弘如（児玉佳一・木村優：35章担当）;八重樫咲子，泉昴佑，三宅洋，渡辺幸三
• 通讯作者: 八重樫咲子，泉昴佑，三宅洋，渡辺幸三

河川水中に存在するDNAを活用した重信川の流域内水生昆虫種多様性解析

利用河水中存在的 DNA 分析重信河流域水生昆虫物种多样性

• 发表时间: 2016
• 作者: YAEGASHI;S. WATANABE;K;八重樫咲子，泉昴佑，三宅洋，渡辺幸三;八重樫咲子，渡辺幸三
• 通讯作者: 八重樫咲子，渡辺幸三

METABARCODING ANALYSIS OF WATER ENVIRONMENTAL DNA TO REVEAL SPECIES DIVERSITY OF AQUATIC INSECTS USING NEXT GENERATION SEQUENCING

使用下一代测序对水环境 DNA 进行元条形码分析以揭示水生昆虫的物种多样性

• 发表时间: 2017
• 作者: YAEGASHI;S. WATANABE;K
• 通讯作者: K

次世代シーケンシング解析とDNAバーコーディングを活用した排砂バイパス付きダム上下流における水生昆虫群集の種多様性解析

使用下一代测序分析和 DNA 条形码对沉积物旁路水坝上游和下游的水生昆虫群落进行物种多样性分析

• 发表时间: 2016
• 作者: YAEGASHI;S. WATANABE;K;八重樫咲子，泉昴佑，三宅洋，渡辺幸三;八重樫咲子，渡辺幸三;八重樫咲子，泉昴介，近藤俊介，渡辺幸三
• 通讯作者: 八重樫咲子，泉昴介，近藤俊介，渡辺幸三