Prediction of rare events associated with biomolecules using mean force dynamics

使用平均力动力学预测与生物分子相关的罕见事件

• 批准号: 17K05620
• 负责人: Morishita Tetsuya
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-01 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K05620/
• 关键词: 自由エネルギー; レア・イベント; 分子動力学; 機械学習; 自由エネルギー計算; レアイベント; 生体分子; 平均力; 位相空間; 化学物理; 分子動力学シミュレーション

项目成果

Influence on the structure and dynamics of Riboswich “SPANISH” and potassium ions by DFHBI

DFHBI 对 Riboswich“SPANISH”和钾离子的结构和动力学的影响

• 发表时间: 2019
• 作者: L.Matsukura;N. Onishi;M.Furue;N.Miyashita;T.SHiraki;Y.Yonezawa
• 通讯作者: Y.Yonezawa

タンパク質のダイナミックアロステリー

蛋白质的动态变构

• 发表时间: 2018
• 作者: L.Matsukura;N. Onishi;M.Furue;N.Miyashita;T.SHiraki;Y.Yonezawa;森下徹也;Tetsuya Morishita;米澤 康滋
• 通讯作者: 米澤 康滋

Logarithmic mean-force dynamics and its extension: polygonal silicene formation on the Al(111) surface

对数平均力动力学及其扩展：Al(111)表面上多边形硅烯的形成

• 发表时间: 2019
• 作者: 河智史朗;三宅厚志;伊藤利充;松田雅昌;宮原慎;古川信夫;徳永将史;T. Morishita
• 通讯作者: T. Morishita

LogMFDによる脂質分子の膜透過自由エネルギー曲線

使用 LogMFD 绘制脂质分子的膜渗透自由能曲线

• 发表时间: 2019
• 作者: 齋藤大明;森下徹也
• 通讯作者: 森下徹也

Isokinetic approach in logarithmic mean-force dynamics for on-the-fly free energy reconstruction

用于动态自由能重建的对数平均力动力学中的等速方法

• DOI: 10.1016/j.cplett.2018.07.011
• 发表时间: 2018
• 期刊: Chemical Physics Letters
• 影响因子: 2.8
• 作者: Morishita Tetsuya;Nakamura Takenobu;Shinoda Wataru;Ito Atsushi M.
• 通讯作者: Ito Atsushi M.