Molecular mechanism of global molecular transport in colloidal dispersion systems with lipid membranes and micelles

脂膜和胶束胶体分散系统中整体分子运输的分子机制

• 批准号: 17K05748
• 负责人: Yoshii Noriyuki
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-01 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K05748/
• 关键词: 分子動力学計算; ミセル; 脂質膜; コロイド分散系; モンテカルロ法; 粗視化シミュレーション; 輸送現象; 自由エネルギー計算; 拡散; 結合解離; 自由エネルギー; キネティクス; 物理化学; 分子動力学シミュレーション; 膜透過; 可溶化; 化学物理

项目成果

大規模分子動力学計算高速化のための新規MPI 通信方法の開発

开发新的 MPI 通信方法以加速大规模分子动力学计算

• 发表时间: 2018
• 作者: 安藤 嘉倫;坂下達哉;吉井 範行;岡崎 進
• 通讯作者: 岡崎 進

ミセル,ヘキサゴナル,2分子膜構造における集団運動

胶束、六角形和双层膜结构中的集体运动

• 发表时间: 2017
• 作者: N. Takagi;R. Fukuda;M. Ehara;S. Sakaki;吉井範行;Ryoichi Fukuda;坂下達哉,安藤嘉倫,吉井範行,岡崎進;福田良一;吉井範行,岡崎進
• 通讯作者: 吉井範行,岡崎進

A thread-level parallelization of pairwise additive potential and force calculations suitable for current many-core architectures

适用于当前多核架构的成对加性势和力计算的线程级并行化

• DOI: 10.1007/s11227-018-2272-2
• 发表时间: 2018
• 期刊: Journal of Supercomputing
• 影响因子: 3.3
• 作者: Y. Andoh;S. Suzuki;S. Ohshima;T. Sakashita;M. Ogino;T. Katagiri;N. Yoshii;S. Okazaki
• 通讯作者: S. Okazaki

Fast multipole method for three dimensional systems with periodic boundary condition in two directions

两个方向具有周期性边界条件的三维系统的快速多极子方法

• DOI: 10.1002/jcc.26141
• 发表时间: 2020
• 期刊: Journal of Computational Chemistry
• 影响因子: 3
• 作者: N. Yoshii;Y. Andoh;S Okazaki
• 通讯作者: S Okazaki

Free energy change of micelle formation for sodium dodecyl sulfate from a dispersed state in solution to complete micelles along its aggregation pathways evaluated by chemical species model combined with molecular dynamics calculations

通过化学物种模型结合分子动力学计算评估十二烷基硫酸钠胶束形成从溶液中分散态到完整胶束沿着其聚集路径的自由能变化

• DOI: 10.3866/pku.whxb201802271
• 发表时间: 2018
• 期刊: Acta Physico-Chimica Sinica
• 影响因子: 10.9
• 作者: Noriyuki Yoshii;Mika Komori;Shinji Kawada;Hiroaki Takabayashi;Kazushi Fujimoto;Susumu Okazaki
• 通讯作者: Susumu Okazaki