Untersuchung transkriptionsregulierender DNA/Protein-Interaktion mit einem DNA Kraftsensor

使用 DNA 力传感器研究转录调节 DNA/蛋白质相互作用

• 批准号: 5452051
• 负责人: Professor Dr. Hermann E. Gaub
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Experimentelle Physik - Biophysik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2010-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5452051?language=en
• 关键词: Untersuchung; transkriptionsregulierender; DNA; Protein; Interaktion

Von wenigen Ausnahmen abgesehen beschreiben wir die Bindung zwischen DNA und Proteinen oder Pharmaka durch thermodynamische Größen, obwohl Kräfte zur Charakterisierung der Wechselwirkung in den meisten Fällen viel zweckmäßiger sind. Der Grund darin liegt im großen experimentellen Aufwand der Einzelmolekülexperimente, die bisher zur Bestimmung von Bindungskräften nötig sind. In dem hier vorgeschlagenen Projekt soll jüngst vorgestelltes Verfahren zur Ensemblemessung differentieller Bindungskräfte weiterentwickelt und zur Charakterisierung der Bindung DNA-regulierender Proteine eingesetzt werden. Synthetische DNA-Oligos sollen dabei als molekulare Analog-Digitalwandler für die Messung der DNA/Protein-Bindungskräfte zur Anwendung kommen. Deren Arbeitspunkte sollen durch Monte-Carlo-Simulationen und Trennkraftmessungen derart optimiert werden, dass ein breiter dynamischer Bereich molekularer Komplexe in einem parallelen Format untersucht werden kann. Basierend darauf sollen symmetrische DNA-Duplex-Konstrukte als Bindungspartner für verschiedene Bindungsproteine in differentellen Kraftmessungen eingesetzt werden. Diese Messungen sollen hinführen zum eigentlichen Ziel, der Klärung der Rolle verschiedener Cofaktoren für die Aktivität der RNA-Polymerase.

当我们发现DNA和蛋白质或药物通过生物学方法结合时，我们会发现在大多数的Fällen中，Wechselfkung的特性是非常重要的。Der Grund darin liegt im großen experimentellen Aufwand der Einzelmolekülexperimente，die bisher zur Bestimmung von Bindungskräften nötig sind.在该项目中，我们将对不同的结合方式进行优化，并对结合DNA调节蛋白质的特性进行韦尔登。Synthetische DNA-Oligos sollen dabei als molekulare Analog-Digitalwandler für die Messung der DNA/Protein-Bindungskräfte zur Anwendung kommen.通过蒙特-卡罗-模拟和潮流计算可以得到最佳的韦尔登，这样就可以得到一个并行格式的快速动态分子复合体韦尔登。Basierend darauf sollen symmetrische DNA-Duplex-Konstrukte als Bindungspartner für verschiedene Bindungsproteine in differentellen Kraftmessungen eingesetzt韦尔登。Diese Messungen sollen hinführen zum eigentlichen Ziel，der Klärung der Rolle versedener Cofaktoren für die Aktivität der RNA-Polymerase.