作物形態の定量化とゲノムとの関連の解析

作物形态量化及其与基因组关系分析

• 批准号: 17J05431
• 负责人: 坂本 莉沙
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-26 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17J05431/
• 关键词: フェノタイピング; 幾何学的形態計測学; ゲノムワイドアソシエーション解析; ゲノミック予測; 楕円フーリエ記述子; セミランドマーク法

[大目的]植物の形態は重要な育種ターゲットである。作物の形態を画像解析を活用して定量化し、ゲノムとの関連を解析し、育種の役にたてることを目標にした。[目的]ブロッコリー(Brassica oleracea var. italica)の外観品質において花蕾形状（ドーム性）と花蕾の色は極めて重要である。これらの形質はもっぱらプロの達観によるスコアリングによって評価されてきた。達観によるスコアリングは素早く総合的に評価できるものの、主観に左右されたり、再現性が担保されなかったり、評価の一貫性への疑念などいくつか問題点がある。昨年度はブロッコリーを真横からカメラで撮影した写真から画像解析を活用することでドーム性と色の客観的な定量評価が可能かを検証し、育種家の評価の大部分が2D画像から定量化が可能であることがわかった。今年度はそれをさらに拡張しブロッコリーの３Dデータをハイスループットに取得する方法を構築した。[方法]本手法は複数台のカメラにより野菜等を撮影し、structure from motion (SfM)により3D構築を行うものである。手順としては7台のカメラを同時制御し、回転台上の撮影対象をタイムラプス撮影する。撮影した画像から背景を削除し、その画像を用いてSfMを行う。の2ステップからなる。この撮影装置では1撮影個体あたりおよそ5分で3D構築に十分な写真を撮影できる。SfMはMetashape(Agisoft社)を用いて3D構築した。1撮影個体あたりおよそ15分で3D構築することができた。

[Daimu] Plant morphology is important for breeding plants and plants. Analysis of crop shape portraits, quantitative analysis of crop morphology, quantitative analysis of crop morphology, analysis of crop morphology portraits, analysis of crop shape portraits, quantitative analysis, analysis, application, analysis, analysis, analysis, [objective] to evaluate the efficacy of Brassica oleracea var. Italica) the shape of buds, the color of buds, the color of buds, the shape of buds, the color of buds, the color of buds, the shape of buds, the color of buds, the color of buds, and the shape of buds. I don't know. I don't know what's going on. I don't know if I don't know if I have a problem with you. I don't know. I don't know, I don't know. Last year, there was a real picture, a photo shoot, a portrait analysis, a quantitative analysis of the use of sexual color customers, most of the 2D portraits, quantitative portraits, quantitative images. This year, we need to know how to get the method for the first time this year. [methods] this technique is to copy the number of tables, to copy wild vegetables and other "shadows", and to use structure from motion (SfM) to measure 3D images in order to get rid of each other. There are seven mobile phones to make a video shoot at the same time, and there is a video camera on the return platform. Make a summary of the portrait, cut the background, cut the portrait, and use the SfM line. I don't know. I don't know what to do. The camera

项目成果

Pictures are converted into a thousand words ~Picture-based phenotyping of sorghum leaves for multi-trait QTL analysis~

图片转化为千字～基于图片的高粱叶片表型多性状QTL分析～

• 发表时间: 2018
• 作者: Sakamoto Lisa;Kajiya-Kanegae Hiromi;Noshita Koji;Takanashi Hideki;Kobayashi Masaaki;Kudo Toru;Yano Kentaro;Tokunaga Tsuyoshi;Tsutsumi Nobuhiro;Iwata Hiroyoshi;坂本 莉沙;坂本 莉沙;Lisa Sakamoto
• 通讯作者: Lisa Sakamoto

Morphometrics for genome-wide association study and genomic prediction of plant morphological traits: Its application to genetic dissection of sorghum grain shape

用于全基因组关联研究和植物形态性状基因组预测的形态计量学：其在高粱籽粒形状遗传解剖中的应用

• 发表时间: 2017
• 作者: Lisa Sakamoto;Hiromi Kajiya-Kanegae;Koji Noshita;Motoyuki Ishimori;Hideki Takanashi;Wataru Sakamoto;Tsuyoshi Tokunaga;Nobuhiro Tsutsumi;Hiroyoshi Iwata
• 通讯作者: Hiroyoshi Iwata

QTL解析に価値ある画像解析：ソルガムRIL集団の葉形態を例に

对QTL分析有价值的图像分析：以高粱RIL群体叶片形态为例

• 发表时间: 2017
• 作者: Kondo;H.*;Chiba;S.;Maruyama;K.;Andika;I.B. and Suzuki;N.;太田博樹;坂本莉沙,藤本優,高梨秀樹,鐘ケ江弘美,野下浩司,小林正明,矢野健太郎,七条光年,小童谷利恵,大西紀和,堤伸浩,坂本亘,岩田洋佳
• 通讯作者: 坂本莉沙,藤本優,高梨秀樹,鐘ケ江弘美,野下浩司,小林正明,矢野健太郎,七条光年,小童谷利恵,大西紀和,堤伸浩,坂本亘,岩田洋佳

輪郭形状のゲノミック予測のための定量化手法の比較

轮廓形状基因组预测的量化方法比较

• 发表时间: 2018
• 作者: Jamal;A.;Sato;Y.;Shahi;S. Shamsi;W.;Kondo;H.;and Suzuki;N.;Masaaki Koike;Kazuhiro Nakayama;水田土壌の鉄還元菌窒素固定の増強－稲わらと鉄添加の効果;坂本 莉沙，鐘ケ江弘美，野下浩司，石森元幸，小林正明，藤本 優，高梨 秀樹，永野 惇，佐塚隆志，矢野 健太郎，徳永 毅，堤 伸浩，岩田 洋佳
• 通讯作者: 坂本 莉沙，鐘ケ江弘美，野下浩司，石森元幸，小林正明，藤本 優，高梨 秀樹，永野 惇，佐塚隆志，矢野 健太郎，徳永 毅，堤 伸浩，岩田 洋佳

画像解析を活用したブロッコリー花蕾のドーム性と色の定量評価

使用图像分析定量评估西兰花小花的圆顶质量和颜色

• 发表时间: 2019
• 作者: Sakamoto Lisa;Kajiya-Kanegae Hiromi;Noshita Koji;Takanashi Hideki;Kobayashi Masaaki;Kudo Toru;Yano Kentaro;Tokunaga Tsuyoshi;Tsutsumi Nobuhiro;Iwata Hiroyoshi;坂本 莉沙
• 通讯作者: 坂本 莉沙