比較ゲノムとＨｉ－Ｃデータに基づくシス因子を介した転写調節とその破綻機構の解明

基于比较基因组学和Hi-C数据阐明顺式因子介导的转录调控及其失败机制

• 批准号: 18J11775
• 负责人: 久保田 直人
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-25 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18J11775/
• 关键词: GWAS; 乾癬; 公共データ; ERRFI1; エンハンサー; バイオインフォマティクス; ゲノミクス

ヒト疾患の多くは一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphisms: SNPs）などの複数の遺伝的要因の積み重ねによって引き起こされる多因子疾患である．これまで，SNPsと疾患を含む様々な形質との関連を調べる手法であるゲノムワイド関連解析（Genome Wide Association Study: GWAS）が様々な形質に対して実施されており，多くの疾患リスクSNPsが同定されているが，報告されているSNPsはマーカーに過ぎず，実際に影響を及ぼしている機能多型の多くは未だ不明なままである．分子病態の詳細を理解するためには，機能多型を同定した上でそれぞれが遺伝子機能にどのような影響を及ぼしているのか，その作用機序を明らかにする必要がある．本研究では，代表的な多因子疾患である慢性皮膚角化疾患の乾癬を対象として，公共エピゲノム・トランスクリプトームデータの統合・再解析による機能多型の網羅的探索を行った．本解析の結果，22個の乾癬関連機能多型を同定した．その内，non-coding領域に位置するものは8個であり，全てが未報告であった．とくに，1番染色体に存在する多型（rs72635708）がEGF signaling制御因子をコードするERRFI1遺伝子の遠位エンハンサー領域に存在することを発見した．これによって、乾癬発症に関与する機能多型およびターゲット遺伝子の具体例を示すことができた．また，これまでアミノ酸配列をコードするエクソン領域については、アミノ酸配列を変化させ、タンパク質そのものの機能に直接的な影響を与える多型（ミスセンス多型等）が大きな注目を集めてきたが、本研究では、アミノ酸配列を変化させないが、近傍遺伝子の発現レベルに影響を与える新しいタイプの有害な多型を発見した。

Single Nucleotide Polymorphisms: SNPs) などのplural の伝's main cause is の集み重ねによってinduced きこされるmulti-factor disease である. Genome Wide Association Study: GWAS) が様々なmorphological quality に対して実时されており, many diseases リスクSNPsが同定されているが, reportされているSNPs はマーカーにpass ぎず, 実综合に Impact を and ぼしている Functional multi-type の多くは不だUnknown なままである. A detailed understanding of molecular pathologies, a multi-functional multi-function machine It can be used to influence the function of the system, and the function of the system is necessary. This study is based on the representative multifactorial diseases, chronic keratosis of the skin, psoriasis, and public health.ノム・トランスクリプトームデータのintegration・ReanalysisによるExploration of multi-functional snaresを行った. As a result of this analysis, the 22 functional polytypes related to psoriasis are the same.その内, non-coding field に position するものは 8 であり, all てが unreported であった.とくに, 1st chromosome exists するpolytype (rs72635708) がEGF Signaling control factor をコードするERRFI1 伝子のFar position エンハンサー domain にexistent することを発见した． Specific examples of これによって, psoriasis syndrome and するfunctional multi-type およびターゲット伝子のをshow すことができた.また，これまでアミノAcid combinationを変化させ、タンパク性そのものの Function に Direct influence を and える polytype (ミスセンスPolytypes, etc.) が大きな Notice を集めてきたが, では, アミノacid arrangement を変化させないが, near the remaining 伝子の発 appear レベルにeffect を and える新しいタイプのharmful なmulti-type を発见した.

项目成果

公共データの統合・再解析による乾癬関連機能多型の網羅的探索

通过整合和重新分析公共数据，全面搜索银屑病相关的功能多态性

• 发表时间: 2019
• 作者: YOKOYAMA Toshifumi;OMOTEHARA Takuya;HIRANO Tetsushi;KUBOTA Naoto;YANAI Shogo;HASEGAWA Chinatsu;TAKADA Tadashi;MANTANI Yohei;HOSHI Nobuhiko;久保田直人，須山幹太
• 通讯作者: 久保田直人，須山幹太